Theo báo cáo của Tổng cục thủy sản, mô hình nuôi Tôm-Lúa mang lại hiệu quả kinh tế cao so với độc canh cây lúa trên cùng diện tích, trong thời gian qua đã phát triển khá ổn định và thể hiện tính bền vững, năng suất tôm nuôi được cải thiện qua từng năm do người dân đã có nhiều kinh nghiệm và áp dụng một số tiến bộ khoa học kỹ thuật vào sản xuất. Hiện tại có khoảng 150.000 ha nuôi 1 vụ tôm và trồng 1 vụ lúa, năng suất bình quân: 320-400 kg/ha/năm, phần lớn tập trung tại các tỉnh Kiên Giang (71.000 ha), Cà Mau (17.700 ha), và Bạc Liêu (29.600 ha). Mô hình Tôm-Lúa là một mô hình sản xuất phù hợp với các tỉnh ven biển vùng ĐBSCL trong điều kiện thời tiết khí hậu có nhiều biến đổi, xâm nhập mặn vào sâu trong nội địa.
Tuy nhiên, hình thức canh tác này vẫn tồn tại một số bất cập cần được cải thiện nhằm phát triển hiệu quả và bền vững như: tỷ lệ hộ dân canh tác mô hình Tôm-Lúa chưa được tập huấn kỹ thuật còn cao (41,7%), diện tích Tôm-Lúa từ đất trồng lúa bị nhiễm mặn chuyển đổi sang chưa được thiết kế công trình đảm bảo cho nuôi tôm (bờ bị rò rỉ nước, thẩm lậu cao, mương nhỏ, mực nước trên trảng thấp, ảnh hưởng đến sinh trưởng của tôm, dễ phát sinh dịch bệnh) trong đó có khoảng 11,8 % số hộ có ao lắng, 22,4 % hộ có thiết kế kênh mương trong trảng nhưng không có kênh mương rửa phèn và mặn. Quy trình kỹ thuật luân canh Tôm-Lúa ở một số nơi đã có nhưng chưa có một quy trình chuẩn cho mô hình này tại vùng ĐBSCL theo đặc thù từng vùng, đặc biệt là khâu thiết kế đồng ruộng, lựa chọn, ương giống tôm và giống lúa phù hợp với điều kiện sinh thái ruộng lúa....Bên cạnh đó, việc rửa mặn để phục vụ trồng lúa của người dân một số địa phương thực hiện chưa đúng yêu cầu kỹ thuật nên sản lượng lúa đạt thấp.Việc tiếp cận tiến bộ khoa học kỹ thuật của người dân còn hạn chế và chậm thay đổi, chủ yếu dựa vào kinh nghiệm nuôi truyền thống. Thông thường người dân thả tôm nhiều đợt/vụ nuôi và chọn tôm giống giá rẻ, không rõ nguồn gốc nên hiệu quả mô hình không cao.Thiếu sự liên kết, hợp tác giữa nông dân canh tác theo mô hình Tôm-Lúa và các bên có liên quan để cùng nhau phát triển mô hình, tình trạng tranh chấp giữa những hộ nuôi tôm và sản xuất lúa vẫn đang xảy ra. Cơ sở hạ tầng nói chung và hệ thống thủy lợi phục vụ nuôi tôm nước lợ nói riêng sử dụng chung với thủy lợi cho sản xuất nông nghiệp, chưa có hệ thống kênh cấp thoát chưa tách riêng, việc vận hành các cống đầu kênh điều tiết nước còn bất cập nên khó khăn chính trong việc quản lý nước trong mô hình tôm-lúa là hoàn toàn phụ thuộc vào thời tiết.Như vậy, vấn đề đặt ra cần quan tâm giải quyết là cải tiến kỹ thuật và quản lý tốt hơn loại hình sản xuất này nhằm nâng cao hiệu quả, tăng sản lượng tôm nuôi của hình thức sản xuất này góp phần tăng sản lượng tôm nuôi nước lợ và tạo công ăn việc làm cho người dân vùng ĐBSCL. Từ đó tăng khả năng thích ứng của cộng đồng trong điều kiện thời tiết, khí hậu có nhiều biến đổi cực đoan.
Để phát triển ngành nuôi trồng thủy sản một cách bền vững và hiệu quả, Chính phủ Việt Nam và Bộ Nông nghiệp đã có nhiều chủ trương, chính sách được ban hành và triển khai trong thời gian vừa qua như trong Chiến lược phát triển ngành Thủy sản đến năm 2020 và Quy hoạch Tổng thể phát triển ngành thủy sản đến 2020 và tầm nhìn 2030, trong đó định hướng đối với nuôi nước lợ cần tiếp tục phát triển mạnh nuôi trồng các đối tượng thủy sản tạo sản phẩm chủ lực theo nhu cầu của thị trường, phù hợp với điều kiện của từng vùng sinh thái phục vụ xuất khẩu. Hình thành các vùng nuôi công nghiệp tập trung có quy mô diện tích lớn theo tiêu chuẩn GAP phù hợp với từng thị trường, tạo sản lượng hàng hóa lớn phục vụ xuất khẩu và tiêu thụ trong nước ở các khu vực đồng bằng sông Hồng, ven biển miền Trung và đồng bằng sông Cửu Long, gắn với truy xuất nguồn gốc, xây dựng thương hiệu thủy sản uy tín, chất lượng cao. Duy trì, phát triển các hình thức nuôi hữu cơ (nuôi sinh thái), nuôi quảng canh cải tiến ở các vùng bãi bồi, đầm phá, rừng ngập mặn để vừa tạo sản phẩm xuất khẩu chất lượng cao, vừa bảo vệ môi trường sinh thái và nguồn lợi thủy sản.