Tuy nhiên, hiện nay, nghề nuôi tôm hùm lồng ở Vạn Ninh đang đứng trước một số thách thức. Bên cạnh môi trường nuôi bị ô nhiễm, nhiều bè nuôi tôm bị dịch bệnh, tỷ lệ hao hụt cao. Ngoài ra, giá tôm hùm thương phẩm đang tụt xuống mức trung bình khoảng 1,3 triệu đồng/kg, giảm hơn 300.000 đồng/kg so với 1 tháng trước. Nguyên nhân do thương lái ép giá, cụ thể khi tôm loại I (hơn 1kg/con) nhiều thì thương lái lại lùng mua tôm loại II (dưới 1kg/con) với giá cao; khi tôm loại II nhiều thì thương lái lại mua tôm loại I với giá cao hơn.