Năm 2011, Thủ tướng Chính phủ có quyết định về phê duyệt điều chỉnh quy hoạch khu neo đậu, tránh trú bão cho tàu cá đến năm 2020, định hướng đến năm 2030. Thực hiện quyết định này, cả nước đã hoàn thành 60 khu neo đậu tránh trú bão, với công suất 42.131 tàu neo đậu; hiện nay 20 khu neo đậu tránh trú bão đang tiếp tục được xây dựng. Trước đó, năm 2010, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt quy hoạch hệ thống cảng cá, bến cá đến năm 2020 và định hướng đến năm 2030. Theo đó, đến nay, cả nước có 83 cảng cá đã được đầu tư nâng cấp và mở rộng. Ngoài nguồn vốn của Trung ương hỗ trợ, tận dụng các nguồn vốn khác, một số địa phương đã tiến hành xây dựng 8 khu neo đậu tránh trú bão và 18 cảng cá.
Thực tế những năm qua, việc đầu tư cho các cảng cá, khu neo đậu tránh trú bão tại nhiều địa phương chưa theo kịp sự phát triển của ngành khai thác thủy sản. Tại Khánh Hòa, giai đoạn 2001 - 2015, chỉ có 6 cảng cá được đầu tư xây dựng mới, nâng cấp gồm: Hòn Rớ, Vĩnh Lương, Đá Bạc, Đại Lãnh, Bình Ba và Bình Hưng. Các cảng này khi đưa vào khai thác đã đáp ứng kịp thời sự phát triển ngành thủy sản của tỉnh. Mỗi năm, 6 cảng này tiếp nhận gần 50.000 lượt tàu cá ra vào cảng giao nhận hàng hóa, neo đậu tránh trú bão. Sản lượng thủy sản qua các cảng gần 60.000 tấn. Trong khi đó, trong số 10 khu neo đậu tránh trú bão chỉ mới có Khu neo đậu Sông Tắc - Hòn Rớ được đầu tư nạo vét luồng lạch đảm bảo độ sâu 4m; Khu neo đậu Ninh Hải được đầu tư xây dựng năm 2010, hoàn thành và đưa vào sử dụng năm 2013. Các khu neo đậu tránh trú bão còn lại vẫn chưa được đầu tư, vẫn là khu neo đậu tự nhiên.
Theo đánh giá của Tổng cục Thủy sản, qua 5 năm triển khai thực hiện các quyết định của Thủ tướng Chính phủ về quy hoạch cảng cá, bến cá và khu neo đậu tránh trú bão, bước đầu đã phục vụ có hiệu quả cho ngành khai thác hải sản. Tuy nhiên, thời gian gần đây, nghề khai thác thủy sản có bước phát triển mạnh, số lượng tàu có công suất lớn tăng nhanh nên các cảng cá, khu neo đậu bị quá tải, không đáp ứng đủ nhu cầu dịch vụ hậu cần cho đội tàu khai thác hải sản.
Ông Vũ Văn Tám, Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho biết, từ thực tế một số cảng cá và khu neo đậu tránh trú bão cho tàu cá của nhiều địa phương không còn phù hợp với nhu cầu phát triển, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 1976 về quy hoạch hệ thống cảng cá và khu neo đậu tránh trú bão đến năm 2020, định hướng đến năm 2030. Theo đó, đến năm 2020, cả nước có 125 cảng cá loại I và loại II (đất liền có 98 cảng, tại các đảo có 27 cảng). Đối với khu neo đậu tránh trú bão, cả nước có 30 khu neo đậu cấp vùng và 116 khu neo đậu cấp tỉnh. Quy hoạch này có nhiều điểm mới so với các quy hoạch trước như: kết hợp quy hoạch cảng cá và quy hoạch khu neo đậu tránh trú bão thành một quy hoạch chung; thay đổi số lượng, nâng cấp một số cảng cá; chỉ đưa vào quy hoạch các cảng cá, còn bến cá giao cho các địa phương quy hoạch; bổ sung 5 trung tâm nghề cá lớn trong cả nước…
Theo quy hoạch mới, Khánh Hòa được xác định là 1 trong 5 trung tâm nghề cá lớn của cả nước. Dự kiến đến năm 2020, trên địa bàn tỉnh sẽ có 3 cảng cá loại I, gồm: Đá Bạc (TP. Cam Ranh - được xác định là cảng cá động lực của Trung tâm nghề cá lớn Khánh Hòa), Hòn Rớ (TP. Nha Trang), Đá Tây (huyện đảo Trường Sa) và 9 cảng cá loại II; định hướng đến năm 2030, Khánh Hòa sẽ có thêm 3 cảng cá nữa được xây dựng ở huyện đảo Trường Sa. Ngoài ra, toàn tỉnh có 14 khu vực được quy hoạch làm khu neo đậu tránh trú bão cho tàu cá. Theo lãnh đạo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, vị trí các cảng cá, khu neo đậu tàu thuyền tránh trú bão theo quy hoạch được duyệt rất phù hợp cho tàu thuyền của ngư dân mỗi khi ra vào.
Một trong những vấn đề được lãnh đạo các địa phương ven biển quan tâm là quy hoạch đã được duyệt, nhưng sẽ có bao nhiêu cảng cá, khu neo đậu được đầu tư. Thông tin từ Tổng cục Thủy sản cho biết, trong những năm tới, nguồn vốn để thực hiện quy hoạch sẽ được huy động từ ngân sách Trung ương, ngân sách địa phương, vốn đầu tư và tài trợ từ nước ngoài, nguồn vốn từ các thành phần kinh tế khác trong nước. Dự kiến, tổng nhu cầu vốn đầu tư các cảng cá, khu neo đậu tránh trú bão cho tàu cá trong cả nước giai đoạn 2016 - 2020 hơn 6.900 tỷ đồng, nhưng khả năng cân đối vốn chỉ đáp ứng được khoảng 70% nhu cầu. Thứ trưởng Vũ Văn Tám cho biết: “Do khả năng cân đối vốn khó khăn nên trong giai đoạn tới sẽ có sự ưu tiên đầu tư cho các dự án”.
Trong 5 năm tới, sẽ ưu tiên đầu tư cảng cá động lực của các trung tâm nghề cá lớn (trong đó Trung tâm nghề cá lớn Khánh Hòa đang được thí điểm đầu tư); các dự án tại các đảo; dự án có sự tham gia của tư nhân; dự án kết hợp kinh tế với quốc phòng; dự án cảng cá loại I kết hợp các khu neo đậu tránh trú bão; các cảng cá và khu neo đậu tránh trú bão đang đầu tư dở dang.