Tuy nhiên, có khoảng 100.776 ha diện tích tôm nước lợ bị thiệt hại do dịch bệnh (trong đó 91.174 ha nuôi tôm sú và 7.068 ha nuôi tôm thẻ), bao gồm hội chứng hoại tử gan tụy cấp tính (AHPNS), đốm trắng, đầu vàng… gây thiệt hại lớn về kinh tế và ảnh hưởng đến sản lượng, giá trị xuất khẩu. Các tỉnh bị dịch bệnh nhiều nhất là: Sóc Trăng, Bạc Liêu, Bến Tre, Trà Vinh, Cà Mau. Để thực hiện nuôi tôm nước lợ năm 2013 thuận lợi, Tổng cục Thủy sản đề nghị tổng kiểm tra chất lượng các loại chế phẩm sinh học dùng trong sản xuất tôm giống, nuôi tôm đang lưu hành trên thị trường, nghiêm cấm sản xuất kinh doanh các loại chế phẩm không đảm bảo chất lượng, kiểm soát chặt chẽ, nghiêm túc chất lượng tôm giống…