Các bệnh gây hại chủ yếu là: gan thận mủ, xuất huyết, kí sinh trùng. Tỉ lệ cảm nhiễm của cá tra giống từ 5 - 10%, các ao hao hụt từ 3- 30%. Nguyên nhân chủ yếu do nguồn nước không đảm bảo, dư lượng thuốc bảo vệ thực vật trong nước quá cao...
Trước tình hình trên, Trạm Thủy sản khuyến cáo người nuôi nên áp dụng các biện pháp phòng bệnh tổng hợp như: cải tạo ao thật kỹ trước mỗi vụ nuôi, thả cá nuôi với mật độ vừa phải, có chế độ chăm sóc hợp lý và quản lý tốt môi trường nước, đặc biệt là lấy nước vào ao nuôi.