Toàn tỉnh hiện nay có 146 cơ sở sản xuất kinh doanh và 1.264 cơ sở ương giống thuỷ sản; đặc biệt, trong đó có 1.174 cơ sở nhân giống cá tra, sản xuất được hơn 28 tỷ cá bột và trên 2 tỷ cá tra giống. Các cơ sở này không những cung ứng đủ giống cá tra cho địa bàn tỉnh mà còn cung ứng 60-70% cá tra giống cho các tỉnh khu vực ĐBSCL.
Nhờ làm tốt công tác quản lý chất lượng giống cá tra và tiếp nhận từ Viện Nghiên cứu nuôi trồng thuỷ sản II đàn giống cá tra hậu bị của tỉnh được cải thiện di truyền với số lượng hơn 60 ngàn con cung ứng cho các cơ sở sản xuất giống cá tra. Hiện tại đàn cá bố mẹ tại các cơ sở sản xuất giống và Trung tâm giống phát triển tốt, trong lượng bình quân 1,9 kg/con. Đây là các giống cá tra mạnh khoẻ, sạch bệnh, sẵn sàng nhân giống cung cấp cho người nuôi trong khu vực.
Huyện Hồng Ngự được xem là một trong những nơi có cơ sở sản xuất cá tra giống nhiều nhất, chiếm trên 60% số cơ sở của cả tỉnh. Hàng năm, huyện cung cấp cá tra giống cho người nuôi trong và ngoài tỉnh với số lượng hơn 15 tỷ cá bột, ươm thành cá con đạt từ 650 - 750 triệu con. Cá tra giống huyện Hồng Ngự đã được Cục Sở hữu trí tuệ - Bộ Khoa học và Công nghệ cấp Giấy chứng nhận đăng ký nhãn hiệu hàng hóa độc quyền. Ông Lê Văn Chiến, ngụ ở xã Long Thuận, huyện Hồng Ngự chủ cơ sở cá tra giống cho biết: từ 2 - 3 ngày là ông cho ra lò một mẻ cá tra bột với hơn 150.000 cá tra bột.
Tỉnh Đồng Tháp đang liên kết để tìm hướng đi mới cho con cá tra giống bằng việc các ngành chuyên môn đã tổ chức nhiều cuộc hội thảo, tập huấn chuyển giao kỹ thuật, cho đến hỗ trợ trực tiếp cá giống bố mẹ đến tận tay người nuôi nhằm tìm kiếm một giải pháp mang tính đồng nhất, trong đó có thống nhất về con giống. Cơ sở sản xuất đảm bảo thống nhất các tiêu chuẩn về chất lượng theo hướng VietGap và GlobalGap. Ông Dương Nghĩa Quốc - Giám đốc Sở NN và PTNT, trong thời gian vừa qua, Sở đã phối hợp với Viện nuôi trồng thủy sản 2 cung cấp con giống bố mẹ để thay đổi đàn giống bố mẹ hiện nay trên địa bàn tỉnh.
Ông Quốc cũng cho biết, từ yêu cầu đối với các tiêu chuẩn xuất khẩu, phải truy xuất nguồn gốc con giống, nghĩa là từ lúc bột ươm nuôi lên ươm cá giống là phải có tiêu chuẩn y như cá thịt thì thị trường mới chấp nhận nhập khẩu cá tra thương phẩm. Việc xây dựng vùng sản xuất cá tra giống theo tiêu chuẩn về chất lượng từ kinh nghiệm và mô hình sản xuất truyền thống là việc làm quyết liệt hiện tại . Toàn tỉnh Đồng Tháp chỉ mới có 02 cơ sở sản xuất đạt chuẩn GAP. Đó là Trung tâm sản xuất giống nông nghiệp và cơ sở Mừng Liên (thị xã Sa Đéc).