Theo qui hoạch, đến năm 2020, toàn tỉnh Đồng Tháp sẽ có vùng nuôi cá tra đạt tiêu chuẩn với tổng diện tích 2.400 ha. Hiện nay toàn tỉnh có 1.400 ha nằm trong vùng nuôi cá tra, ngoài ra còn có đến 225 ha nuôi ngoài quy hoạch, gây khó khăn cho việc quản lý. Tình trạng trên xảy ra chủ yếu tại 03 huyện Tân Hồng, Tam Nông và Thanh Bình.
Để đảm bảo yếu tố về môi trường trong phát triển vùng nuôi cá tra, UBND tỉnh chỉ đạo Sở NN&PTNT phối hợp với Sở TN&MT rà soát từng vùng nuôi, tập trung nguồn vốn Nhà nước và vốn doanh nghiệp thực hiện qui hoạch diện tích chứa nước, dẫn nước ra ao lắng, khắc phục tình trạng ô nhiễm môi trường do nguồn nước thải chưa qua lắng, lọc.
Đối với những vùng nuôi không đảm bảo môi trường, hiệu quả không cao sẽ cắt giảm diện tích, và bổ sung diện tích vào những vùng nuôi hiệu quả, đảm bảo về môi trường; đồng thời chỉ đạo các địa phương cần có biện pháp dứt khoát trong công tác quản lý quy hoạch sử dụng đất trên địa bàn, kịp thời phát hiện và xử lý nghiêm các trường hợp đào ao nuôi cá ngoài vùng quy hoạch.