Tuy nhiên, theo báo cáo của Bộ NN và PTNT, 3 tháng đầu năm nay, giá cá tra tại ĐBSCL nhiều biến động do hai nguyên nhân chính là thiếu cá tra giống và diện tích nuôi bị thu hẹp. Trong quý I đầu năm nay, tổng diện tích nuôi cá tra của ĐBSCL đạt 2.705 ha và tổng sản lượng đạt 247,6 nghìn tấn. Như vậy, diện tích nuôi cá tra giảm 16% và sản lượng tăng 1,5% so với cùng kỳ năm trước. Theo báo cáo từ nhiều địa phương, diện tích nuôi giảm mạnh so với cùng kỳ năm trước, trong đó có nhiều tỉnh trọng điểm như: Tiền Giang, Bến Tre, An Giang, Cần Thơ, Đồng Tháp.
Tiền Giang diện tích nuôi chỉ đạt 19,5% so với kế hoạch; Bến Tre đạt 55,2%; Đồng Tháp đạt 91,6%, An Giang đạt 85,3%.
Nguyên nhân đầu tiên là nguồn cá tra giống bị thiếu hụt. Những tháng cuối năm 2016, giá cá giống sụt giảm mạnh, nhiều trại ương con giống ngưng sản xuất để chờ giá. Hơn nữa, việc ương cá giống của các tỉnh ĐBSCL đầu năm nay gặp nhiều bất lợi do mưa trái mùa. Do đó, con giống cung ứng cho vụ nuôi mới năm 2017 thiếu và trễ hơn so với mọi năm. Vào tháng 2/2017, giá cá giống cỡ 25 con/kg (2 phân) đã lên đến hơn 40.000 đồng/kg, cao hơn gấp 3 lần so với trước.
Thêm nữa, năm 2016, do biến động của thị trường, giá cá tra nguyên liệu tại ĐBSCL đã trải qua một năm tăng giảm thất thường. Giá cá tăng nhẹ vào QI/2016 nhưng lại giảm sâu vào QII và QIII/2016. Đặc biệt, trong tháng 8-9/2016, thị trường xuất khẩu giảm, việc tiêu thụ khó khăn, giá cá tra nguyên liệu giảm, thấp hơn giá thành sản xuất là các khó khăn mà người nuôi cá tra đang phải đối mặt. Giá cá tra thịt trắng (loại 0,7 - 0,8 kg/con) dao động ở mức từ 18.000 - 19.200 đồng/kg, thấp hơn so với cùng kỳ năm 2015 là 800 - 1.000 đồng/kg và thấp hơn so với những tháng đầu năm 2016 từ 5.000 -1.000 đồng/kg. Đây là mức thấp nhất trong 5 năm trở lại đây. Do việc tăng giảm thất thường này, người nuôi sản xuất cầm cự hoặc không thả nuôi. Ngoài ra, thị trường Trung Quốc tăng cường mua các loại size cá từ 750 - 800 gr khiến cho nguyên liệu cá tra bị thiếu hụt trong QI/2017.
Mặc dù, cho đến nay, giá cá tra đã ổn định ở mức từ 25.000 – 26.500 đồng/kg, giảm từ 1.000 – 1.500 đồng/kg so với thời điểm đạt đỉnh vào hồi đầu và giữa tháng 4/2017, tuy nhiên, nguồn cá tra nguyên liệu cho nhà máy vẫn còn thiếu do sản lượng thu hoạch vẫn chưa đáp ứng đủ nhu cầu.