Trước đó, ngày 3/7/2015, Hiệp hội cũng đã gửi Công văn số 106/2015/CV-VASEP kiến nghị về vấn đề này. Tại công văn, VASEP đã nêu những vướng mắc của các DN hội viên về quy định này.
Theo qui định tại Điểm h, Khoản 2, Điều 41 của NĐ 83 ngày 22/7/2013 của Chính phủ quy định các trường hợp thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế thì trong đó có: “Hàng hóa nhập khẩu theo giấy phép, hàng hóa nhập khẩu phải đảm bảo các quy định quản lý nhà nước về kiểm dịch, vệ sinh an toàn thực phẩm, kiểm tra chất lượng hàng hóa”. Như vậy, hàng thủy sản do nhập khẩu (NK) phải kiểm dịch, vệ sinh an toàn thực phẩm (ATTP) nên thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau.
Ngày 25/3/2015, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 38/2015/TT-BTC (TT38) quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra; giám sát hải quan, thuế XK, thuế NK và quản lý thuế đối với hàng hóa XK, NK). Theo Điểm d.1 và Điểm d.3 Khoản 5 Điều 129 của TT38 thì hàng nguyên liệu thủy sản NK để sản xuất XK sẽ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau.
Điều này gây nhiều ra nhiều vướng mắc cho các DN NK thủy sản bởigần 90% lượng nguyên liệu thủy sản này là sản xuất hàng XK không phải tiêu thụ trong nước. Hơn nữa, bản chất của kiểm dịch, kiểm tra vệ sinh ATTP của hàng thủy sản liên quan đến việc kiểm tra chất lượng sản phẩm chứ không có cơ sở liên quan đến tiền thuế phải nộp nhưng lại bị liệt vào danh sách phải kiểm tra rồi mới hoàn thuế.
Các DN NK thủy sản cho rằng, chỉ có những hàng hóa như hóa chất cần kiểm tra chất lượng Nhà nước để xác định mã HS để xem DN khai có đúng tiền thuế có đúng thực tế hay không thì mới cần xem kết quả kiểm tra chất lượng Nhà nước trước khi hoàn thuế cho DN. Thực tế, kết quả kiểm dịch, kiểm vệ sinh ATTP hàng thủy sản không liên quan đến tiền thuế NK.
Sau khi nhận được CV106 của VASEP, ngày 04/8/2015, Cục Thuế Xuất Nhập khẩu - Tổng Cục Hải quan đã có Công văn số 1339/TXNK-CST gửi Hiệp hội VASEP, Cục Thuế XNK ghi nhận vướng mắc của VASEP để trao đổi với các đơn vị có liên quan, trình cấp có thẩm quyền và sẽ có văn bản trả lời Hiệp hội trong thời gian sớm nhất. Tuy nhiên cho đến nay, DN thủy sản vẫn đang chờ đợi việc xem xét này.
Để tháo gỡ khó khăn vướng mắc cho DN thủy sản, góp phần nâng cao năng lực cạnh tranh của DN, giảm chi phí xã hội, tại CV47/2016, VASEP đề nghị Bộ Tài chính xem xét và trình Chính phủ sửa đổi phù hợp nội dung Điểm h Khoản 2 Điều 41 NĐ83 sao cho các mặt hàng thủy sản không thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.