Cụ thể, bãi bỏ 14 mục thu lệ phí quy định tại Phụ lục 1 của Thông tư 04/2012/TT-BTC (gọi tắt là Thông tư 04) ngày 5-1-2012. Trong đó đáng chú ý như: cấp giấy chứng nhận vùng, cơ sở an toàn dịch bệnh; cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật vận chuyển; bỏ nội dung thu lệ phí cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật xuất khẩu, nhập khẩu, tạm xuất tái nhập; giấy chứng nhận bệnh phẩm; cấp giấy chứng nhận kiểm dịch vận chuyển qua bưu điện, hàng mang theo người… Bỏ 17 loại phí, gồm: 4 mục thu phí phòng chống dịch bệnh cho động vật và bỏ 13 mục thu phí kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật; kiểm tra vệ sinh thú y quy định tại Phụ lục 4 của Thông tư 04.
Trong công văn gửi Bộ Tài chính, Bộ NN-PTNT chỉ yêu cầu giữ lại một số loại phí trong công tác thú ý, như: Phí kiểm tra thực trạng hàng hóa đối với sản phẩm động vật thủy sản đông lạnh; Phí kiểm tra thực trạng hàng hóa đối với sản phẩm động vật thủy sản qua phơi, sấy; Phí kiểm tra thực trạng hàng hóa đối với sản phẩm động vật thủy sản dạng lỏng, sệt; Phí kiểm tra thực trạng hàng hóa đối với các loại sản phẩm động vật thủy sản khác.