Hiện nay, thời tiết ở khu vực ĐBSCL đang thay đổi bất thường, lạnh về sớm, và hiện tượng tháng 12 vẫn còn mưa. Những ao cá giống đều bị thiệt hại, và cá thịt chậm lớn, có hiện tượng bệnh kéo dài. Lạnh và thay đổi thời tiết cũng khiến cá chậm ăn, chậm lớn. Từ tháng 11/2016 đến nay, do khan hiếm nguyên liệu nên một số doanh nghiệp lớn đã giảm công suất chế biến từ 30% trở lên, thậm chí có nhiều đơn vị nghỉ ngày thứ 7 và chủ nhật. Tình hình này dự báo sẽ còn kéo dài cho đến hết quý 1/2017.
Cá tra hiện đang khá khan hiếm, chẳng hạn loại cá size từ 1kg-1,8kg/con không còn để đáp ứng nhu cầu đang tăng từ thị trường Hồng Kông, Trung Quốc và thị trường nam Mỹ, điều này buộc các doanh nghiệp phải bắt cá 700-800 gram/con để chế biến đáp ứng một số hợp đồng xuất khẩu bán size cá cỡ nhỏ.
Trong khi đó, con giống lại đang bị ảnh hưởng thời tiết lạnh, khả năng sẽ làm nguyên liệu thiếu hụt vào quý 3/2017 lớn hơn. Do vậy, các doanh nghiệp phải tính toán, chủ động nguyên liệu bằng việc đầu tư hoặc liên kết nuôi với người dân để có đủ nguyên liệu cho năm 2017.
Tình hình nguyên liệu cá tra cũng tương tự như con tôm. Thị trường nguyên liệu tôm đã kết thúc đối với các nước có nuôi nhiều như Ấn Độ, Ecuador và một số nước có nuôi trồng, cho thấy nguyên liệu mặt hàng này đang thiếu hụt trên toàn cầu. Riêng Việt Nam, là nước chế biến và xuất khẩu tôm, cũng đang đối mặt với thiếu nguyên liệu. Dự báo, phải tới mùa vụ quý 3/2017 mới có nguyên liệu, từ các nước có truyền thống nuôi như nam Mỹ và Ấn Độ, kể cả vụ nuôi đầu của Việt Nam.
Tình hình trên cho thấy, cơ hội xuất khẩu thủy sản năm 2017, rõ ràng là rất lớn, khi thị trường xuất khẩu dự đoán sẽ tăng trưởng cao hơn như Hồng Kông, Trung Quốc tăng ít nhất 20% so với 2016. Việc xuất khẩu vào hai thị trường này đã vượt qua Mỹ thì cơ hội cho con cá tra của Việt Nam không còn nhiều do thiếu nguyên liệu.
Dù năm 2016 là năm khó khăn chung của nền kinh tế thế giới, trong đó có Việt Nam nhưng ngành thủy sản vẫn vượt mốc 7 tỷ USD theo kế hoạch. Trong đó, kim ngạch xuất khẩu cá tra cao hơn 100 triệu USD so với kế hoạch 1,5 tỷ là nổ lực của các doanh nghiệp.