Theo Nghị định 36/2014/NĐ-CP, đến . Đến ngày 31 tháng 12 năm 2015 các cơ sở nuôi cá Tra thương phẩm phải áp dụng và được chứng nhận thực hành nuôi trồng thủy sản tốt theo VietGAP hoặc chứng chỉ quốc tế phù hợp quy định của pháp luật Việt Nam. Sau một thời gian triển khai thực hiện, theo báo cáo của Tổng Cục thủy sản, tại khu vực ĐBSCL hiện có 40 cơ sở chăn nuôi được chứng nhận Quy phạm thực hành nuôi trồng thủy sản tốt (VietGAP). Trong đó có 30 cơ sở nuôi cá tra, diện tích khoảng 224ha, 6 cơ sở tôm nước lợ, với khoảng 160ha. Ngoài ra, một số cơ sở đã áp dụng quy trình nuôi đạt chứng nhận BAP, ASC, GlobalGAP,…Tổng Cục thủy sản đang quyết liệt chỉ đạo các địa phương ứng dụng rộng rãi VietGAP để đến ngày 1/1/2016 có 100% cơ sở nuôi cá tra vùng ĐBSCL đạt chứng nhận VietGAP. Đồng thời, tập trung kiểm soát chất lượng con giống tôm nước lợ, truy xuất nguồn gốc tôm thẻ chân trắng bố mẹ tại nước có xuất khẩu tôm bố mẹ vào Việt Nam nhằm kiểm soát chất lượng con giống.