Tình trạng sạch mầm bệnh thể hiện rằng con tôm đó đã trải qua một quá trình kiểm dịch và sàng lọc bệnh nghiêm ngặt khẳng định rằng chúng không có những mầm bệnh nhất định mà người nuôi quan tâm. Đặc điểm này cũng đồng nghĩa với việc các quốc gia hoặc các khu vực vẫn chưa có loài này có thể có cơ sở để chắc chắn rằng việc nhập khẩu các con tôm sạch bệnh này sẽ không dẫn đến việc du nhập những mầm bệnh nhất định mà những con tôm đó sẽ không bị nhiễm những mầm bệnh chưa biết hoặc đã biết nhưng không được sàng lọc.
Liên quan đến nghĩa chính xác của SPF, ở Châu Á đang có sự lẫn lộn nghiêm trọng. Chẳng hạn như, rất nhiều người tin rằng những con tôm sạch mầm bệnh có khả năng kháng bệnh và không thể nhiễm những mầm bệnh virus mà chúng gặp phải trong quá trình nuôi. Điều này rõ ràng là không đúng. SPF có nghĩa là những con tôm này đã được đảm bảo là không có một số mầm bệnh. Liệu một con tôm hoặc một giống tôm có thể có khả năng di truyền chống chịu một mầm bệnh nào đó hay không không liên quan đến tình trạng hiện nay của nó. SPF chỉ ám chỉ đến tình trạng mầm bệnh hiện tại đối với một số mầm bệnh chứ không đề cập đến khả năng kháng bệnh hay tình trạng mầm bệnh tương lai (Lozt, 1997).
Những con tôm SPF đích thực là những con tôm được sản xuất tại những cơ sở nuôi an toàn sinh học, được kiểm tra nhiều lần và được nhận định là sạch mầm bệnh thông qua việc sử dụng rất nhiều các quy tắc quan trắc và có nguồn gốc từ những con tôm bố mẹ được nuôi với những quy tắc phát triển số lượng bố mẹ nghiêm ngặt. các con tôm bố mẹ này được tạo ra thông qua những quy trình kiểm dịch rộng rãi. Những quy trình đó đưa đến các thể hệ F1 sạch mầm bệnh có nguồn gốc từ tôm bố mẹ đánh bắt tự nhiên (Lozt, 1997). Chỉ khi được nuôi và giữ trong những điều kiện này ta mới có thể có được các giống SPF thực sự. Hiện chưa có một quy tắc thống nhất trên phạm vi quốc tế đối với sự phát triển của tôm SPF và dĩ nhiên là tồn tại sự khác biệt về chất lượng của các giống SPF khác nhau. Một khi những con tôm này được đưa ra khỏi các cơ sở sản xuất SPF, chúng không còn được coi là SPF mặc dù chúng có thể vẫn sạch mầm bệnh. Một khi ra ngoài cơ sở SPF, những con tôm đó sẽ được gọi là Siêu khỏe (Hight Health – HH) vì chúng dễ có nguy cơ nhiễm bệnh lớn hơn (so với khi ở trong trại sản xuất), trong trường hợp nếu chúng được đưa vào một cơ sở tốt, có truyền thống về các quy đinh giám sát dịch bệnh và an toàn sinh học. Nếu được đưa vào những nơi khác, chẳng hạn như vào một nơi nuôi vỗ không đạt an toàn sinh học, một trại giống hay một đầm nuôi, chúng sẽ không còn được gọi là SPF hay HH vì lúc này chúng ở trong môi trờng có nguy cơ lây nhiễm cao.
Mục tiêu cơ bản của các cơ sở SPF là sản xuất các giống tôm sạch bệnh, thuần hóa và cải thiện chúng về mặt di truyền cho quá trình nuôi trồng. Đối với tôm chân trắng (P. vanamei) và tôm xanh Nam Mỹ (P. stylirostris), những dòng tôm SPF là sẵn có nên sẽ là có lý nếu sử dụng chúng để bắt đầu các chương trình gây giống ở những nước sắp đưa những loài này vào đầu tiên. Điều này là có ý nghĩa nếu các dòng SPF không kháng được những mầm bệnh cơ bản thì chúng cũng không bị nhiễm các mầm bệnh đó. Ngoài ra, các loài tôm này cũng đã được thuần hóa, có tốc độ lớn và các đặc điểm về tập tính khiến người nuôi ưa chuộng chúng hơn là tôm bố mẹ có nguồn gốc tự nhiên. Điều quan trọng cần lưu ý ở đây là sức khỏe nên được đề xuất là một phần trong việc đánh giá nguy cơ đầy đủ cần cân nhắc trước khi đưa chúng vào nuôi. Những khía cạnh quan trọng khác như liệu những loài sinh vật ngoại lai nhập khẩu này có xâm lấn không và khi thoát ra môi trường tự nhiên chúng có những tác động đối với những loài sống tự nhiên hay môi trường không.
Những công trình nghiên cứu gần đây của một số quốc gia và công ty tư nhân đã tập trung nỗ lực vào việc phát triển những giống SPF và cũng kháng được một số mầm bệnh (SPF/SPR). Đây là quá trình lâu dài và thường tập trung vào một mầm bệnh cùng một lúc. Nên mặc dù sự phát triển những dòng kháng mầm bệnh là đích đến lâu dài của chương trình giống SPF nhưng dường như chương trình này sẽ không bao giờ đưa được đến những dòng không bị nhiễm bất cứ loại vi sinh gây bệnh nào (Lozt, 1997).
Mặt trái tiềm tàng của những con tôm SPF là chúng chỉ sạch một số bệnh nhất định đã được kiểm tra. Có nghĩa là sẽ bao hàm những mầm bệnh đã được biết đến là gây những tổn thất lớn đối với ngành nuôi tôm như đốm trắng (WSSV), đầu vàng (YHV), Taura (TSV), hoại tử cơ (IHHNV), BPV và hoại tử gan tụy (HPV) cũng như các bào từ nhỏ, bào tử đơn (haplosporidians), gregarine, giun tròn (nematodes) và censtodes. Mặc dù đã trải qua sự sàng lọc như vậy nhưng đối với những loại virus mới chưa bộc lộ hoặc “bí ẩn” có thể xuất hiện song do bởi chúng chưa được nhận diện nên vẫn có thể thoát khỏi sự kiểm dịch. Ví dụ điển hình trong tài liệu của Brock và ctv (1997) cho rằng tôm ở Brazin và Colombia bị bệnh Taura (TSV) là do các con tôm SPF được đưa từ Hawaii tới. Tại thời điểm lúc bấy giờ TSV chưa được biết đến là một nguyên nhân gan nên bệnh virus và đã không được kiểm tra trong các quy tắc SPF.
Thêm vào đó, những bệnh dịch mới có thể xuất hiện do những đột biến của những vi sinh vật vốn trước kia không phải là mầm bệnh gây nên – ví dụ như các loại virus ARN có khả năng đột biến cao – nên vẫn có khả năng sự du nhập tôm SPF có thể không loại trừ sự du nhập của mầm bệnh.
Một vấn đề nữa cần nói đến là nếu tôm SPF được nuôi trong các cơ sở có lượng virus cao có thể dẫn tới tỷ lệ tôm chết cao vì những con tôm sạch mầm bệnh không nhất thiết là những con tôm kháng bệnh tốt hơn so với những con tôm không sạch mầm bệnh, ngược lại, trong một số trường hợp chúng còn kháng bệnh kém hơn. Chính vì thế, tôm sạch mầm bệnh thích hợp trong hệ thông nuôi an toàn sinh học hơn. Điều này có thể giải thích lý do tại sao những trại nuôi không đảm bảo an toàn sinh học hợp ở Châu Mỹ La Tinh lại dựa nhiều vào tôm SPR chứ không phải là tôm SPF.
Cho dù là trường hợp nào đi chăng nữa, việc sử dụng các giống SPF chỉ là một phần trong kế hoạch hoàn chỉnh về giảm thiểu rủi ro dịch bệnh trong nuôi tôm. Sự phát triển của các dòng SPF được thiết kế nhằm giúp đảm bảo rằng tôm giống được thả vào trong các ao nuôi thương phẩm không có bệnh. Đây là một trong những nguồn lây nhiễm bệnh nếu không muốn nói là nguồn lây nhiễm bệnh nghiêm trọng nhất. Những khía cạnh khác trong chiến lược này cần phải thực hiện bao gồm: các chiến lược để đảm bảo tôm bố mẹ, trứng ấu trùng naupli, ấu trùng larvae và tôm nhỏ lấy từ dòng SPF vẫn là SPF, ví dụ như an toàn sinh học trong trại, hệ thống giám sát cảnh báo sớm và phản ứng nhanh đối với dịch bệnh bùng phát.
Để đối phó với những vấn đề dịch vệnh chủ yếu do IHHNV (nhân tố nguyên nhân của hội chứng dị dạng, còi cọc ở Mỹ vào cuỗi những năm 1980), một chương trình phát triển tôm chân trắng (P. vanamei) SPF đã được khởi xướng năm 1989 ở Bộ Nông nghiệp Mỹ (USDA) – nơi đã tài trợ cho Viện Hải Dương ở Hawaii (Wyban và Sweeny, 1991). Chương trình này tiếp tục cho đến tận ngày này và đã được một số các doanh nghiệp thương mại hầu hết đặt tại Hawaii mở rộng ra.
Công trình mở đầu với tôm chân trắng (P. vanamei) SPF này đã được mở rộng trong khu vực tư nhân bao gồm các công trình đối với tôm xanh Nam Mỹ (P. stylirostris), tôm sú (P. monodon), tôm he Nhật bản và tôm nương (P. chinensis) (chỉ yếu ở Hawaii nhưng cũng có cả ở Florida và Mehico), tôm he Ấn độ (P. indicus, P. merguinensis) và tôm thẻ bông (P. semisulcatus) (ở Iran) và các dòng tôm chân trắng (P. vanamei) SPF với khả năng kháng TSV (ở Mỹ). Một số trong các dòng này đã có đến hơn mười thế hệ SPF. Những nhà cung cấp các giống SPF (và SPR) hiệ nay được cung cấp trong bảng sau. Mặc dù được công bố là ở trong tình trạng SPR, điều quan trọng cần ghi nhớ là sự kháng bệnh này chỉ là đối với một số dòng TSV chứ không phải là tất cả và điều này cũng cần phải có một sự xác nhận đúng đắn.
Cho đến nay, tình trạng SPR chỉ được xác nhận với một dòng tôm xanh Nam Mỹ (P. stylirostris) có khả năng kháng IHHNV. Có một số giống tôm chân trắng (P. vanamei) với khả năng chống chịu hạn chế đối với TSV dòng 1, song không kháng được dòng 2, dòng 3. Không có giống nào có khả năng kháng WSSV (bệnh đốm trắng).
Khi ra ngoài cơ sở SPF, để duy trì được tình trạng Siêu khỏe (HH) đòi hỏi tất cả các con tôm SPF phải được kiểm dịch, cách ly và nuôi tách khỏi những con tôm có khả năng bị nhiễm bệnh trong toàn bộ vòng đời để đề phòng sự lây lan của những mầm bệnh sang những dòng sạch bệnh. Khi dòng SPF đã được hình thành, dòng HH mới có thể được sản xuất ngay tại đại phương, sử dụng những kỹ thuật nuôi nhất định để tránh lây nhiễm bệnh. Mặc dù biết thế, song những kỹ thuật này không phải dễ dàng thực hiện được và cho đến nay, những kỹ thuật này chỉ mới đạt được ở Mỹ (và có thể là ở cả Iran).
Cần cân nhắc khi mua các dòng SPF để bắt đầu các chương trình thuần hóa ở các nước khác là những dòng đó có thể được cho giao phối tự do và gồm toàn những con có quan hệ huyết thống với nhau. Điều này có nghĩa là những thế hệ tương lai của những con tôm chỉ dựa trên những dòng này sẽ có thể dẫn tới tình trạng giao phối gần trong vài thế hệ. Giao phối cận huyết đã được nhấn mạnh trong các dòng tôm xanh Nam Mỹ (P. stylirostris) được nuôi ở Tahiti trong 22 thế hệ (Bierne và ctv, 2000), các dòng tôm chân trắng P. vanamei) nuôi nhốt với đặc điểm là khả năng chống chịu TSV giảm dần so với những con tôm đánh bắt từ tự nhiên và xuất hiện các dị hợp tử (Jone và Lai, 2003).
Có rất nhiều vấn đề liên quan đến việc sử dụng tôm bố mẹ không sạch mầm bệnh. Vấn đề đầu tiên và cũng là hàng đầu đã được nhắc đến là khả năng du nhập những virus mang mầm bệnh mới và các bệnh khác vào những vùng mới và sạch bệnh (Châu Á đã chứng kiến vấn đề ngay khi du nhập tôm chân trắng (P. vanamei) vào Trung Quốc, Đài Loan và Thái Lan). Tuy nhiên, do tôm không sạch bệnh thường rẻ hơn và sẵn có hơn (tôm bố mẹ nuôi trong ao ở Châu Á hiện nay được bán ở mức 8-10USD trong khi tôm bố mẹ sạch mầm bệnh từ Hawaii có giá từ 23-25USD) nên sẽ hấp dẫn với người mua lúc ban đầu về giá song lại có các hậu quả xấu về lâu dài.
Không có các nguyên tắc về tiệt trùng và an toàn sinh học nghiêm ngặt để xử lý tôm bố mẹ không sạch mầm bệnh, trứng và ấu trùng (những nguyên tắc này phần lớn không được biết tới hoặc áp dụng tại Châu Á), các mầm bệnh nhiễm và tôm bố mẹ sẽ có xu hướng truyền sang ấu trùng. Điều này làm tăng khả năng xảy ra những vấn đề nghiêm trọng về bệnh trong quá trình nuôi. Và, một vấn đề nữa là để xác định chắc chắc các dòng tôm mua có phải là SPF hay không là rất khó. Thông thường, ở các nước Châu Á không có các cơ sở kiểm dịch tương xứng và rất nhiều thương nhân không có đạo đức sẽ bán những dòng tôm mà họ nói là SPF với các chứng từ giả cho các ngư dân mất cảnh giác. Cuối cùng, trong khi các dòng SPF là những dòng gần như chắc chắn được thuần hóa đã chọn lọc về tốc độ lớn và khả năng kháng bệnh trong một thời gian dài, các dòng không sạch mầm bệnh có thể đã không được chọn lọc và thường là có nguồn gốc bố mẹ không rõ ràng khiến cho việc sử dụng chúng làm cơ sở cho các chương trình thuần hóa và chọn giống có thể cho kết quả không mong muốn.