Song song với quản lý quy hoạch, kiểm soát môi trường, thì kiểm soát tôm hùm giống đưa xuống vùng nuôi đóng vai trò cực kỳ quan trọng.
An Chấn, An Phú là những địa phương có nhiều phương tiện mành tôm chuyên đánh bắt tôm hùm giống ở huyện Tuy An và thành phố Tuy Hoà. Tuy nhiên, mỗi chuyến biển một ngày đêm, mỗi phương tiện chỉ đánh bắt được vài con tôm giống. Cả làng biển sau một đêm người nuôi tôm chỉ gom được tầm hơn 100 con tôm trắng.
Còn ở làng biển Gành Đỏ, thuộc phường Xuân Đài, TX. Sông Cầu, không sử dụng phương tiện là mành đèn, nhiều ngư dân sử dụng thuyền thúng và thả chà đánh bắt tôm hùm giống. Tuy nhiên, theo ngư dân Gành Đỏ, mấy năm nay nghề khai thác tôm hùm giống thất bát nguồn con giống ngày một cạn kiệt.
Tôm giống tại chỗ cạn kiệt, trong khi nhu cầu thả tôm mỗi năm một tăng, người nuôi phải tìm đến nguồn tôm ngoại nhập. Tôm giống từ Philippine, Inddonesia hay ở bất cứ đâu, hễ người dân có nhu cầu, chỉ cần một cú điện thoại là thương lái chuyên cung cấp tôm giống ngay lập tức đáp ứng, không kể số lượng.
Điều đáng lo ngại là hiện nguồn tôm giống nhập về giá rất rẻ, tôm sỏi từ 13-15 ngàn đồng/con, tôm xanh từ 20-25 ngàn đồng/con. Người nuôi tôm ồ ạt thả tôm giống với hy vọng bù đắp những thiệt hại do tôm hùm chết hàng loạt hơn 2 tháng trước.
Tuy nhiên, nguồn tôm giống đưa về lại không được kiểm soát nghiêm ngặt, tiềm ẩn nhiều nguy cơ.
Trong kế hoạch hành động phát triển ngành tôm Phú Yên phấn đấu đến năm 2020, giá trị sản xuất tôm đạt trên 70 triệu USD. Giữ ổn định thể tích nuôi tôm hùm lồng đạt 475.000m3/ 27.000 lồng, sản lượng tôm hùm đạt 950 tấn. Số lồng ươm tôm hùm giống 18.000 lồng, sản lượng 1.500.000 con. Giai đoạn 2021 - 2025, Tổng giá trị sản xuất tôm đạt 100 triệu USD.
Muốn thực hiện đạt mục tiêu này, song song với triển khai nuôi tôm quy hoạch, kiểm soát tốt môi trường thì việc kiểm soát nguồn con giống phải được quan tâm hơn nữa.