Theo Chi Cục Thủy sản TP Cần Thơ, thành phố hiện chủ động được nguồn giống nhân tạo phục vụ cho nghề nuôi thương phẩm với nhiều đối tượng thủy sản nội địa như: cá lóc, cá thát lát cườm, lươn giống nhân tạo, cá chạch lấu... Đến nay, trên địa bàn thành phố có 113 cơ sở sản xuất kinh doanh giống thủy sản, trong đó có 70 cơ sở sản xuất kinh doanh cá giống và 43 cơ sở sản xuất kinh doanh tôm giống. Quy mô sản xuất của các cơ sở trên 50m3 chiếm khoảng 65%, với sản lượng trung bình 1 triệu con/10m3/năm. Các cơ sở tham gia sản xuất kinh doanh đa dạng nhiều chủng loại giống thủy sản như: tôm càng xanh, tôm sú, tôm thẻ, cá tra, cá thát lát, rô đồng, rô phi, trê lai, cá chép, sặc rằn...
Các cơ sở tham gia sản xuất kinh doanh giống thủy sản quan tâm ứng dụng các công nghệ mới để nâng cao chất lượng giống và nhân giống được nhiều loại thủy sản phục vụ nhu cầu đa dạng hóa đối tượng nuôi. Đầu năm đến nay, các cơ sở sản xuất được hơn 159 triệu cá bột các loại, hơn 718,4 triệu con giống các loại và hơn 650,5 triệu tôm post.