Tác động của chất thải: Khi chất thải trong ao nhiều sẽ tạo ra những nguy cơ rất lớn về dịch bệnh cho vật nuôi. Các loại khí độc không những ảnh hưởng đến tính thèm ăn của vật nuôi, làm tăng hệ số chuyển đổi thức ăn và suy giảm chất lượng nước ao mà còn có thể gây chết đối với vật nuôi. Bùn từ ao nuôi thủy sản có thể tác động đến môi trường, chất lượng nước biển ven bờ và tác động đến các sinh vật thủy sinh. Sự lắng tụ chất thải trong ao không chỉ làm hẹp không gian sống của tôm, cá nuôi mà là nơi chứa mầm bệnh…
Giải pháp: Quản lý chất thải ao nuôi là nhiệm vụ cần được thực hành trong suốt vụ nuôi và giai đoạn sau khi nuôi để giảm thiểu tối đa tác động của chất thải ao đến môi trường. Việc chọn loại hình nuôi là một trong các bước quan trọng khi bắt đầu nuôi. Đối với những cơ sở có điều kiện có thể xử lý tốt các chất thải trong quá trình nuôi có thể lựa chọn nuôi thâm canh hoặc bán thâm canh. Hình thức nuôi quảng canh hay quảng canh cải tiến ít tác động tới môi trường và tiện lợi với hệ sinh thái. Ngày nay, hình thức nuôi tuần hoàn theo hệ thống RAS đang ngày càng được phổ biến. Ưu điểm của hệ thống là tiết kiệm nước, tỉ lệ vật nuôi sống cao, năng suất cao gấp nhiều lần nuôi bình thường, chất lượng cá, tôm nuôi được đảm bảo và không gây ô nhiễm môi trường. Mỗi trại nuôi phải có diện tích để kiểm dịch, thiết kế ao lắng, xử lý sinh học và ao phục hồi cùng với ao sản xuất.
Chất thải trong ao nuôi cần được xử lý từ trước, trong và sau khi nuôi để đảm bảo chất lượng môi trường nuôi. Các ao phải được tháo cạn nước hoàn toàn, để khô dưới ánh nắng mặt trời trong thời gian 10-30 ngày. Sau đó, chất thải trong ao được loại bỏ có thể bằng tay hoặc bằng máy và vận chuyển đến nơi quy định. Những ao không thể phơi khô hoàn toàn, có thể sử dụng các máy bơm để loại bỏ chất thải. Trong quá trình nuôi, có thể sử dụng phương pháp xi phông để xử lý chất thải lắng đọng ở đáy ao nuôi. Bên cạnh đó, sử dụng chế phẩm sinh học sẽ giúp phân hủy chất thải bùn đáy trong ao nuôi, chuyển hóa khí độc thành dạng ít độc hơn. Các chế phẩm sinh học sẽ giúp cân bằng môi trường ao nuôi bằng các vi sinh vật có lợi. Các vi sinh vật có lợi này sẽ lấn át và tiêu diệt các mầm bệnh trong ao nuôi.
Quản lý thức ăn: Để hạn chế chất thải hiệu quả trong ao nuôi theo hình thức công nghiệp, người nuôi cần tính toán chính xác tỉ lệ sống của tôm, cá để điều chỉnh lượng thức ăn cho phù hợp. Chọn loại thức ăn chất lượng tốt, độ tan rã trong nước ít và sử dụng hợp lý, tránh thừa thức ăn. Cho ăn đúng kỹ thuật, đúng và đủ số lượng, chất lượng. Ngoài ra, người nuôi cần tuân thủ việc thực hành nghề nuôi đảm bảo an toàn và khoa học mới có thể giúp cho ao nuôi phát triển hiệu quả, mang lại năng suất và thành công cho vụ nuôi.