Theo quyết đinh 3035/QĐ-BTC thì tôm nuôi từ 50-69 ngày sẽ nhận được tỷ lệ bồi thưởng bảo hiểm là từ 55-64%. Tuy nhiên, sau một thời gian áp dụng, những điều khoản này tỏ ra bất cập nên trong dự thảo gởi Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (NN&PTNT) để lấy ý kiến, Bộ Tài chính điều chỉnh đối với tôm thẻ chân trắng nuôi 50-59 ngày xuống 15-25.
Đối với cá tra, theo quyết định 3035 tỷ lệ bảo hiểm từ ngày nuôi thứ 140 đến 182 là 69-27%, nhưng trong lần sửa đổi này thì sản phẩm cá tra sẽ không còn được bồi thưởng bảo hiểm nữa.
Ông Đỗ Minh Trường, Phó trưởng phòng giám sát bảo hiểm, Bộ Tài chính, lý giải việc điều chỉnh một số điều khoản trong quyết định 3035 theo hướng giảm tỷ lệ bồi thường bảo hiểm xuống là nhằm mục đích sao cho phù hợp với tình hình thực tế.
Tuy nhiên, khi căn cứ trên tình hình thực tế, Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn, Bộ NN&PTNT, vẫn kiến nghị Bộ Tài chính tỷ lệ bảo hiểm 25-35% đối với tôm thẻ chân trắng, giảm khoảng 50% so với hiện hành; còn mức bảo hiểm cho con cá tra, theo Cục, không nên giảm về mức 0% mà tương đương với mức bồi thường của tôm thẻ chân trắng.
Lý do, theo Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn, khi cá tra đã lớn mà bị dịch bệnh thì chỉ thu hồi được một phần sản phẩm, vì một héc ta nuôi cá có hàng trăm tấn cá chết nên không thể thu hồi được vốn.
Theo quyết định 315/QĐ-TTg về thí điểm bảo hiểm nông nghiệp ở 21 tỉnh thành thì 7 tỉnh tham gia bảo hiểm cây lúa, 9 tỉnh bảo hiểm về chăn nuôi và 5 tỉnh bảo hiểm về thủy sản có thời hạn từ 2011-2013. Tuy nhiên, do trong quá trình thực hiện gặp những khó khăn nên đã được chính phủ gia hạn thời gian thí điểm đến đến tháng 6-2014.