Mỗi năm các vùng nuôi thủy sản của huyện cần số lượng lớn con giống các loại như: tôm thẻ chân trắng trên 300 triệu con; tôm sú trên 25 triệu con, cua biển 5 triệu con; cá lóc bông 70 vạn con; cá diêu hồng 80 vạn con; ếch Thái Lan 50 vạn con… Chính vì vậy, việc chủ động được con giống tại chỗ là yếu tố vô cùng quan trọng đảm bảo sự phát triển nghề nuôi thủy sản vững chắc, hiệu quả.
Đứng trước nhu cầu thực tế về nguồn giống tại chỗ, thực hiện Đề án “Tái cơ cấu ngành Nông nghiệp theo hướng sản xuất hàng hóa, nâng cao giá trị gia tăng và phát triển bền vững giai đoạn 2015-2020”; UBND huyện Hải Hậu đã chỉ đạo Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phối hợp với các phòng chức năng tham mưu cho UBND huyện chỉ đạo, hướng dẫn các địa phương thực hiện tốt các biện pháp kỹ thuật, đồng thời khuyến khích các doanh nghiệp, cơ sở trên địa bàn chủ động phát triển sản xuất con giống thủy sản. Đồng thời, làm tốt công tác thanh tra, kiểm tra, quản lý chất lượng giống thủy sản; tích cực tuyên truyền, phổ biến pháp luật để các doanh nghiệp, đại lý, cơ sở sản xuất, cung ứng giống chấp hành tốt các quy định của Nhà nước về hóa đơn nhập hàng, giấy kiểm dịch, ghi chép nhật ký rõ ràng.
Đến nay trên địa bàn huyện đã phát triển được trên 10 doanh nghiệp, cơ sở sản xuất giống thủy sản các loại: cá truyền thống; tôm sú, tôm thẻ chân trắng, cá mú, cua biển, ngao - hàu... Về sản xuất và cung ứng giống thủy sản nước ngọt trên địa bàn huyện có 1 trại sản xuất cá giống của ông Lương Đức Thọ, xã Hải Quang. Với quy mô 1 bể đẻ, 4 bể ương và hệ thống ao nuôi hàng chục chiếc, mỗi năm cơ sở của ông Thọ đạt sản lượng bình quân trên 100 triệu con cá bột các loại trắm, chép, mè. Theo Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn huyện, hằng năm, cơ sở sản xuất cá giống của ông Thọ đáp ứng được 25-30% nhu cầu con giống cho các vùng nuôi thủy sản nước ngọt của huyện. Ngoài ra, nhiều khách hàng các tỉnh: Hải Phòng, Quảng Ninh, Thái Bình, Hải Dương cũng đã về mua cá giống ở đây.
Về sản xuất giống thủy sản nước lợ: huyện có 1 trại sản xuất giống cá mú của Công ty trách nhiệm hữu hạn Đài Hải, xã Hải Hòa đã hoạt động ổn định từ nhiều năm qua, hằng năm sản xuất và bán được trên 400 nghìn con giống. Ngoài ra, tại xã Hải Chính đã phát triển được 3 cơ sở ương giống tôm sú, tôm thẻ chân trắng với sản lượng từ 100-120 triệu con giống/năm. Các cơ sở sản xuất nhập tôm giống từ các tỉnh phía Nam về ương nuôi thuần hóa từ 3-5 ngày đảm bảo sức khỏe tôm giống ổn định, đạt đủ kích thước rồi xuất bán cho người nuôi tại địa phương. Mỗi năm các trại ương giống này cung ứng trên 50 triệu con tôm thẻ chân trắng cho các hộ nuôi trên địa bàn huyện, ngoài ra còn xuất bán sang các huyện bạn và cả ngoài tỉnh.
Anh Nguyễn Văn Thuyết, đại diện Hợp tác xã giống thủy sản Tùng Lâm, một trong 3 cơ sở sản xuất giống thủy sản của xã Hải Chính cho biết: với quy mô 8 bể ương được đầu tư máy sục khí, máy phát điện, máy bơm đồng bộ nên hợp tác xã đã ương thành công nhiều loại giống thủy sản như: tôm sú, tôm thẻ chân trắng, cá đối nục, cá vược, cua biển... Mỗi năm đơn vị cung ứng cho thị trường khoảng 25 triệu con giống tôm sú, tôm thẻ chân trắng; 8-10 triệu con giống cá đối nục và trên 1 vạn con cá vược giống.
Ngoài ra, trên địa bàn huyện có 8 cơ sở chuyên sản xuất ngao - hàu giống ở các xã, thị trấn: Hải Phúc, Hải Đông, Hải Lý, Hải Triều, Thịnh Long... với sản lượng mỗi cơ sở từ 3-5 tỷ con ngao giống. Cơ sở của ông Trần Văn Châu, khu 22, Thị trấn Thịnh Long có 100 bể, mỗi năm sản xuất 3-4 đợt hàu giống với sản lượng trung bình trên 100 triệu con hàu giống. Cơ sở sản xuất hàu giống của anh Nguyễn Văn Lương, xóm 2, xã Hải Phúc có diện tích hơn 10 nghìn m2 với 14 bể và 7 ao phục vụ cho quá trình sản xuất giống hàu. Trung bình mỗi năm, trại giống của anh Lương thu lãi trên 400 triệu đồng từ hàu giống.