Theo ông Phạm Khánh Ly, Phó Vụ trưởng Vụ Nuôi trồng thủy sản (Tổng cục Thủy sản), 3 tháng đầu năm 2016, giá trị xuất khẩu thủy sản của Việt Nam đạt gần 1,36 tỷ USD, tăng 1,7% so với cùng kỳ năm 2015. Tuy nhiên, xuất khẩu thủy sản đang phải đối mặt với nhiều khó khăn và thách thức, nổi bật là hạn hán, xâm nhập mặn và mất an toàn thực phẩm (ATTP). Đặc biệt, sản xuất cá tra vẫn chưa thoát khỏi khó khăn do giá cá tra nguyên liệu giảm, diện tích nuôi bị thu hẹp dần, người nuôi bị lỗ. Nếu không có giải pháp kịp thời, việc thiếu nguyên liệu cho xuất khẩu rất dễ xảy ra. Không những khó khăn do hạn hán xâm nhập mặn, vấn đề ATTP cũng đang gây bức xúc, bởi số lô hàng bị trả về do phát hiện có chứa chất cấm hoặc mức tồn dư kháng sinh vượt quá giới hạn cho phép gia tăng một cách đáng ngại. Nếu năm 2014, số lô vi phạm quy định về ATTP là 159 lô thì năm 2015 con số này tăng lên gấp đôi. Điều này cho thấy, mức độ vi phạm về ATTP trong các lô hàng xuất khẩu thủy sản của Việt Nam sang các nước đang ở mức báo động.
Ông Nguyễn Như Tiệp, Cục trưởng Cục Quản lý chất lượng nông, lâm, thủy sản (Bộ NN&PTNT) cho biết, trong tháng 3-2016, Cục nhận được cảnh báo của Bộ Y tế, Lao động và Phúc lợi Nhật Bản về việc các lô hàng thủy sản xuất khẩu của Việt Nam sang Nhật Bản bị cảnh báo không bảo đảm ATTP. Theo ông Dương Ngọc Minh, Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Hùng Vương, hiện vẫn còn một số doanh nghiệp đưa chất kháng sinh vào sản phẩm xuất khẩu sang các thị trường như Châu Âu, Mỹ, Nhật Bản... Việc này không chỉ làm ảnh hưởng tới uy tín của sản phẩm thủy sản Việt Nam trên thế giới mà còn làm cho kim ngạch xuất khẩu giảm, bởi các nước này sẽ hạn chế nhập khẩu hàng của Việt Nam mà thay bằng sản phẩm của các nước cùng xuất khẩu mặt hàng này với giá cả cạnh tranh và bảo đảm chất lượng.
Trước những khó khăn trên, ông Nguyễn Huy Điền, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thủy sản khuyến nghị, với tình hình hạn hán và xâm nhập mặn hiện nay, sở NN&PTNT các tỉnh, thành phố cần tuyên truyền cho người dân thực hiện đúng khung lịch thời vụ thả giống tôm, cá năm 2016 theo kế hoạch. Khuyến cáo nông dân không nuôi cá tại những nơi nguồn nước không bảo đảm, đồng thời thả giống với mật độ hợp lý và có biện pháp chăm sóc kỹ thuật để hạn chế thiệt hại do hạn hán, xâm nhập mặn gây ra. Đối với những vùng nuôi không có điều kiện về nguồn nước thì hạn chế thả giống hoặc thả chậm đón mùa mưa vào tháng 6-2016 để không bị thiệt hại và đủ nguyên liệu cho các nhà máy.
Trước tình hình xuất khẩu thủy sản nước ta đang gặp khó, thời gian tới các đơn vị của Bộ NN&PTNT cần phối hợp chặt chẽ với các tỉnh, thành phố trong việc kiểm tra tại các ao nuôi, cơ sở sản xuất của các doanh nghiệp trong việc sử dụng chất kháng sinh trong nuôi trồng, chế biến thủy sản, nếu phát hiện vi phạm cần xử lý nghiêm theo quy định. Trong bối cảnh các nước ngày càng gia tăng về hàng rào kỹ thuật, nếu như các doanh nghiệp Việt Nam không đổi mới cách làm sẽ tự phá sản. Để cạnh tranh được về giá cũng như chất lượng với các nước cùng xuất khẩu mặt hàng này, các doanh nghiệp cần áp dụng công nghệ mới, giảm chi phí đầu vào; Nhà nước cần hỗ trợ giảm lãi suất ngân hàng mới có thể vượt khó. Hiện thủy sản tiêu thụ thị trường nội địa chiếm tỷ lệ thấp, Nhà nước nên có chính sách hỗ trợ doanh nghiệp quảng bá sản phẩm trên sân nhà để giải quyết một phần khó khăn trong sản xuất, tiêu thụ sản phẩm thủy sản.