Quan điểm của Bộ Tài Chính là không giảm thuế NK nguyên liệu thủy sản xuống 0%, với lý do các loại nguyên liệu trong nước đã và đang nuôi trồng được như: tôm sú, tôm chân trắng, mực, bạch tuộc đã được quy định mức thuế suất hợp lý nhằm khuyến khích nuôi trồng trong nước, hạn chế phụ thuộc vào nguồn nguyên liệu NK. Tuy nhiên, theo Vasep thì hiện nay thị trường tiêu thụ gặp khó khăn do rào cản thương mại và kỹ thuật từ các nước NK cùng với sự cạnh tranh gay gắt từ các nguồn cung, XK hải sản của DN Việt
Trong khi đó, việc NK nguyên liệu phục vụ cho chế biến XK và gia công XK vẫn còn nhiều vướng mắc, bất cập trong các quy định liên quan đến thuế NK. Mặc dù các DN đã được hưởng ân hạn thuế 275 ngày nhưng với mức thuế suất NK cao đối với một số mặt hàng có giá trị thương mại cao như: tôm các loại thuế NK 10-15%; cá ngừ 12-24%, mực bạch tuộc 10-17%… thì đa số các DN phải tạm nộp thuế. Điều đó làm cho gánh nặng về hạn mức tín dụng và lãi suất phải trả khi “tạm nộp thuế” khá lớn, làm giảm sức cạnh tranh của DN Việt Nam so với các DN láng giềng như: Thái Lan, Trung Quốc.
Ngoài ra, mức thuế NK một số loài thủy sản có giá trị thương mại còn cao sẽ gây khó khăn cho các DN thủy sản do nguyên liệu trong nước thiếu, chỉ đáp ứng được khoảng 70-75% nhu cầu của DN chế biến XK, tương ứng với 60-65% công suất của nhà máy chế biến. Với mức tăng thuế suất NK cao, XK của DN hải sản sẽ còn gặp nhiều khó khăn, nhất là trong bối cảnh cạnh tranh gay gắt như hiện nay.
Trong chiến lược phát triển thủy sản đến năm 2020 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt. Mục tiêu đến năm 2015 XK thủy sản đạt 8 tỷ USD, đạt 10 tỷ USD vào năm 2020 và xác định cần NK tương ứng 600.000 tấn thủy sản nguyên liệu vào năm 2015 và 1 triệu tấn vào năm 2020 mới đủ cho hoạt động chế biến và XK.