Tính đến hết tháng 5/2013, cả nước có 1.425 cơ sở sản xuất giống tôm sú và 103 cơ sở sản xuất giống tôm thẻ chân trắng. Với sản lượng giống ước trên 23,5 tỷ con (trong đó tôm sú 15 tỷ và tôm thẻ chân trắng 8,5 tỷ). Tập trung chủ yếu tại các tỉnh Nam Trung bộ; Trong đó Ninh Thuận, Bình Thuận, Khánh Hòa, Phú Yên chiếm khoảng 40% - khoảng 623 trại, sản lượng giống tôm nước lợ ở khu vực này chiếm khoảng 70%. Ngoài ra các tỉnh Bạc Liêu, Cà Mau và Kiên Giang cũng cung cấp cho thị trường một lượng lớn tôm giống
Qua kiểm tra cho thấy chất lượng tôm giống không đồng đều. Một trong những nguyên nhân tôm giống kém chất lượng là do sử dụng tôm bố mẹ không đảm bảo và không rõ nguồn gốc.
Về cá tra, nhu cầu giống cá tra năm 2013 dao động trong khoảng 1,8-2,0 tỷ con. Hiện nay toàn vùng ĐBSCL có gần 200 trại sinh sản cá bột, với trên 4.000 hộ ương cá giống trên diện tích hơn 2.250 ha, tập trung nhiều nhất ở Đồng Tháp, An Giang, Cần Thơ, Tiền Giang. Tuy nhiên hiện nay nuôi cá tra gặp khó khăn nên giống cá tra không tiêu thụ được, nhiều vùng ương cá tra ở Cần Thơ, Đồng Tháp treo ao hoặc chuyển nuôi cá truyền thống. Hiện tại, Viện Nghiên cứu NTTS II đã chuyển giao cho cơ sở sản xuất giống cá tra tại các tỉnh ĐBSCL số lượng cá tra hậu bị chọn giống khoảng hơn 110 nghìn con.
Về sản xuất giống nhuyễn thể, 6 tháng đầu năm 2013 tại các tỉnh phía Bắc do xuất khẩu tiểu ngạch giảm mạnh, một số nhà máy chế biến ngao xuất khẩu giảm lượng thu mua, dẫn tới tồn đọng lượng lớn ngao thịt (tại Nam Định và Thái Bình khoảng 50.000 tấn). Điều này đã kéo theo ngao giống sản xuất ra khó bán hoặc bán với giá rất thấp. Cả nước hiện có 528 trại sản xuất giống nhuyễn thể, tập trung ở Quảng Ninh (sản xuất giống tu hài, hầu), Nam Định (sản xuất giống ngao), Khánh Hòa, Ninh Thuận, Bến Tre, Tiền Giang (nhiều trại giống tôm quy mô nhỏ chuyển sang sản xuất giống ốc hương).
Về sản xuất giống cá rô phi, toàn miền Bắc hiện có 43 trại sản xuất với năng lực cung cấp khoảng 100 triệu con, đáp ứng khoảng 30-35% nhu cầu. Phần lớn giống được vận chuyển từ phía Nam ra (50-55%) và một phần nhập từ Trung Quốc, Đài Loan, Thái Lan. Ở phía Nam, sản xuất giống cá rô phi được thực hiện quanh năm, chủ yếu ở Tiền Giang, có khả năng đáp ứng nhu cầu nuôi của cả nước.
Về sản xuất giống tôm càng xanh, hiện nay nuôi tôm càng xanh tập trung nhiều nhất tại Đồng Tháp, Bến Tre, Bạc Liêu và An Giang với nhu cầu khoảng 1,2-1,5 tỷ con giống. Tuy nhiên, việc đầu tư sản xuất giống đối tượng này còn khiêm tốn do tính chất thời vụ. Hiện nay chỉ còn khoảng 40 trại sản xuất. Trung tâm giống Thủy sản An Giang đã liên kết với Isarael sản xuất giống bằng công nghệ tôm cái giả để tạo ra tôm giống toàn đực. Đây có thể được xem là giải pháp về giống thuỷ sản khá hữu hiệu, nhưng số lượng giống sản xuất được còn chưa nhiều.
Năm 2013, nhu cầu cá giống truyền thống cần khoảng 15-17 tỷ con (năm 2012 cả nước có 1.032 trại cá giống, sản xuất được 17 tỷ cá giống các loại đủ đáp ứng cho nhu cầu nuôi). Về chất lượng cá giống, do các trại đã dùng đàn cá bố mẹ dòng thuần (cung cấp bởi các Viện nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản và Trung tâm giống của tỉnh) nên chất lượng giống tốt. Tuy nhiên, ở nhiều vùng miền núi, người dân chưa có đủ cá giống, phải đưa từ vùng xuôi lên, vận chuyển xa, giống thuỷ sản cỡ nhỏ, lại luyện ép lâu ngày làm cho cá suy nhược, dễ mắc bệnh, tỷ lệ sống thấp.
Ngoài cá truyền thống, hiện nay có một số đối tượng mới đang được phát triển nuôi cho hiệu quả cao như nhóm cá nước lạnh (cá tầm, cá hồi) nuôi ở miền núi phía Bắc và Tây Nguyên. Nguồn trứng cá thụ tinh được nhập từ Na Uy, Nga, Trung Quốc và được ấp nở ương nuôi thành giống thuỷ sản ở Việt Nam. Bên cạnh những loài cá nhập, nhiều loài cá bản địa là đặc sản quý đang được phát triển nuôi như cá lăng, cá chiên, cá ghé, cá anh vũ, rầm xanh ở miền núi phía Bắc, cá rô đầu vuông, cá chạch nấu, cá ngát… ở vùng ĐBSCL.
Đối với sản xuất giống cá biển, hiện nay cả nước chỉ có 28 cơ sở sản xuất phần lớn thuộc các Viện nghiên cứu, trường đào tạo và doanh nghiệp vốn đầu tư nước ngoài. Sản lượng giống cả năm đạt khoảng 50-60 triệu con. Đối tượng sản xuất chủ yếu là cá giò, cá mú (song chấm nâu), cá vược, cá hồng, cá bống bớp. Nhiều cơ sở tôm giống, ngao giống đã chuyển sang sản xuất giống cá hồng mỹ, cá bống bớp bước đầu cho hiệu quả tốt.
Để đẩy mạnh công tác sản xuất và kiểm soát chất lượng giống phục vụ nhu cầu phát triển nuôi trồng thủy sản trong thời gian tới, cần tiếp tục công tác kiểm tra, giám sát, quản lý chất lượng theo Thông tư 14, Thông tư 26… và tiến hành xét nghiệm vi khuẩn tại trại giống và giống khi xuất bán để ngăn chặn dịch bệnh trong quá trình nuôi.