Theo Sở NN-PTNT, năm 2016, diện tích nuôi trồng thủy sản trên địa bàn tỉnh khoảng 2.620ha, trong đó diện tích nuôi tôm nước lợ khoảng 2.030ha, tập trung tại các huyện Đông Hòa, Tuy An và TX Sông Cầu. Đối với nuôi thủy sản lồng bè, năm 2016, toàn tỉnh thả nuôi khoảng 35.095 lồng, trong đó ương nuôi tôm hùm khoảng 31.195 lồng.
Hiện toàn tỉnh có 4 khu sản xuất giống thủy sản tập trung, gồm: Xuân Hải, Xuân Hòa (TX Sông Cầu), An Hải (huyện Tuy An) và Hòa Hiệp Trung (huyện Đông Hòa), với công suất quy hoạch trên 3 tỉ con giống/năm. Năm 2016, trên địa bàn tỉnh có 55 cơ sở sản xuất giống thủy sản các loại, trong đó 34 cơ sở sản xuất giống tôm thẻ chân trắng và tôm sú, với sản lượng khoảng 1,79 tỉ con giống… Tuy nhiên, khó khăn nhất hiện nay là còn nhiều vùng nuôi trồng thủy sản trên địa bàn tỉnh chưa thực hiện đúng quy hoạch, biến động môi trường theo chiều hướng xấu, tình hình dịch bệnh vẫn diễn biến phức tạp ở nhiều địa phương.
Mục tiêu tổng quát phát triển ngành tôm Phú Yên trở thành ngành công nghiệp sản xuất lớn, bền vững, thích ứng với biến đổi khí hậu và bảo vệ môi trường sinh thái. Cụ thể, trong giai đoạn 2017-2020, tổng diện tích nuôi tôm nước lợ hơn 1.940ha, sản lượng sản xuất tôm giống nước lợ đạt khoảng 3,1 tỉ con. Giai đoạn 2021-2025, tổng diện tích nuôi tôm nước lợ vẫn giữ ổn định hơn 1.940ha, sản lượng sản xuất tôm giống nước lợ đạt khoảng 6 tỉ con… Tại hội nghị, các đại biểu tham gia thảo luận xung quanh các vấn đề quản lý con giống, quản lý dịch bệnh, quy hoạch chi tiết vùng nuôi, triển khai các mô hình nuôi hiệu quả… nhằm thúc đẩy ngành tôm Phú Yên phát triển.
Phát biểu chỉ đạo tại hội nghị, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Trần Hữu Thế yêu cầu Sở NN-PTNT tổng hợp các ý kiến góp ý của các sở, ngành, địa phương và người nuôi để hoàn thiện dự thảo Kế hoạch hành động phát triển ngành tôm Phú Yên đến năm 2025, tham mưu UBND tỉnh ban hành; phối hợp với các địa phương có nuôi tôm nước lợ, nước mặn sớm nhân rộng các mô hình đã thành công, phù hợp từng địa phương, vùng nuôi. Xây dựng các cơ chế, quy chế hợp tác trong việc phối hợp giữa Nhà nước, doanh nghiệp, người nuôi tôm và nhà khoa học để phát triển nghề nuôi tôm theo hướng bền vững; tăng cường công tác kiểm tra, kiểm soát chặt chẽ nguồn giống tôm bố mẹ. Đồng thời tham mưu UBND tỉnh kiến nghị Bộ NN-PTNT về vấn đề quản lý nguồn tôm giống nhập khẩu từ nước ngoài…