Đối với ngành NN&PTNT, quá trình hội nhập đã tạo ra nhiều cơ hội, đem lại nhiều kết quả tích cực:
Thông qua mở rộng thị trường quốc tế và khu vực, những mặt hàng có thế mạnh đã dần chiếm lĩnh thị trường thế giới, đem lại kim ngạch xuất khẩu cao cho đất nước. Việt Nam trở thành quốc gia có vị thế trên thế giới. Xuất siêu trong nông sản ngày càng tăng (kể cả trong những giai đoạn khó khăn), góp phần cân đối cán cân thương mại. Thực hiện nguyên tắc tự do hóa thương mại, Việt Nam chấp nhận mở cửa thị trường nhập khẩu các nông sản mà mình không có thế mạnh để cải thiện đời sống, tăng phúc lợi cho người tiêu dùng, tạo điều kiện cho người tiêu dùng tiếp cận với hàng hóa chất lượng và giá bán tốt hơn; đồng thời phát triển mối quan hệ đa phương công bằng, hiệu quả.
Chấp nhận cạnh tranh, mặc dù phải chịu nhiều rủi ro và các yếu tố bất định từ thương mại quốc tế, nhưng người sản xuất Việt Nam đã từng bước làm quen, từng bước nâng cao khả năng cạnh tranh của nông sản, không ỷ lại vào trợ cấp và hàng rào bảo vệ thương mại của Nhà nước. Chính sách thương mại nông sản Việt Nam có những tác động tích cực, thúc đẩy quá trình thích ứng với toàn cầu hóa sản xuất và kinh doanh nông nghiệp.
Tác động của việc thực hiện các cam kết WTO và các cam kết khu vực:
Trong khuôn khổ Chương trình Hỗ trợ Kỹ thuật Hậu gia nhập WTO, Bộ NN&PTNT đã triển khai Dự án “Đánh giá tác động của việc thực hiện các cam kết WTO và khu vực đối với ngành NN&PTNT”.
Đây là lần đầu tiên Việt Nam thực hiện việc nghiên cứu, đánh giá nhiều mặt về tác động của hội nhập tới nông nghiệp, nông thôn trên cơ sở áp dụng các phương pháp, mô hình phân tích tiên tiến. Mục tiêu chính là góp phần nâng cao năng lực cho đội ngũ nghiên cứu, phân tích chính sách; Hình thành hệ thống cơ sở dữ liệu phục vụ cho việc nghiên cứu, đánh giá tác động cam kết hội nhập. Từ đó, đề xuất các khuyến nghị để giải quyết vấn đề nội tại của ngành, đề xuất các chính sách tăng lợi ích kinh tế - xã hội nông nghiệp, nông thôn; Hoàn thiện chính sách phát triển bền vững ngành NN&PTNT Việt Nam trong bối cảnh mới.
Sau hơn một năm triển khai Dự án, kết quả nghiên cứu cho thấy, mặc dù quy mô sản xuất nhỏ, phân tán nhưng do hầu hết nông dân đều tham gia vào sản xuất hàng hóa nên việc mở rộng thương mại quốc tế đã đem lại hiệu quả lan tỏa sâu rộng trong việc tạo công ăn việc làm và tăng thu nhập của đông đảo người lao động nông thôn (kể cả người nghèo và người dân tộc thiểu số), góp phần xóa đói giảm nghèo.

Trong giai đoạn 2000-2012, GDP của ngành Nông nghiệp liên tục tăng với tốc độ tăng bình quân 3,5%/năm. Tốc độ tăng GDP của ngành Thủy sản cao hơn tốc độ tăng chung của toàn ngành, bình quân đạt 7,3%/năm. Cơ cấu sản xuất đã chuyển dịch theo hướng tăng tỷ trọng đóng góp của ngành Thủy sản - từ 15,6% lên 24,5% (trong đó, nuôi trồng thủy sản có xu hướng tăng nhanh hơn ). Giá trị kim ngạch xuất khẩu toàn ngành Nông nghiệp tăng khá nhanh với tốc độ bình quân 17%/năm; trong đó, giá trị xuất khẩu thủy sản tăng với tốc độ bình quân 11,6%/năm.
Theo báo cáo của Tổng cục Thống kê, năm 2012, các mặt hàng gạo, cà phê, hồ tiêu có năng lực cạnh tranh quốc tế cao, trong khi các mặt hàng cao su, chè, thủy sản có năng lực cạnh tranh trung bình với thị phần thấp (lượng xuất khẩu thủy sản của Việt Nam chiếm 6,1% lượng xuất khẩu toàn thế giới).
Tại Hội thảo Công bố kết quả “Đánh giá tác động của việc thực hiện các cam kết WTO và khu vực đối với ngành NN&PTNT” được tổ chức ngày 30/10/2013 tại Hà Nội, các đại biểu đã thống nhất nhận định: Mặc dù đã đạt được những thành tựu to lớn như trên, nhưng xét về thực lực của Việt Nam cũng như tiềm năng của quá trình hội nhập có thể nhận thấy Việt Nam chưa khai thác hết được lợi thế do quá trình hội nhập đem lại, hay nói cách khác là các ích lợi do quá trình hội nhập kinh tế quốc tế đem lại cho ngành NN&PTNT còn thấp hơn nhiều so với tiềm năng thực tế. Nguyên nhân trước hết là quá trình triển khai khi gia nhập chưa có sự chuẩn bị đúng mức về nội lực cho cả doanh nghiệp và nông dân. Việc thay đổi thể chế chính sách chưa bắt kịp những cam kết cần thực hiện và thiếu vắng những hoạt động hỗ trợ về mặt kỹ thuật, pháp lý, tiêu chuẩn chất lượng để thực hiện hiệu quả các cam kết.
Dự án đã được các chuyên gia tư vấn của các Bộ, ngành đóng góp tích cực, mang đến cách tiếp cận mới về sử dụng các mô hình tiên tiến trong phân tích, đánh giá tác động của chính sách hội nhập kinh tế. Dự án cũng đã huy động đội ngũ chuyên gia hàng đầu thế giới về mô hình cân bằng tổng thể một nước và mô hình cân bằng tổng thể toàn cầu, kết hợp mô phỏng vi mô để đánh giá tác động của hội nhập tới ngành NN&PTNT. Nhờ đó, đã đánh giá, bóc tách được tác động hội nhập tới nông nghiệp và tiểu ngành nông nghiệp, nông thôn: (1) Đánh giá mức độ nhạy cảm của một số ngành hàng nông sản của Việt Nam trước các cú sốc bên ngoài; (2) Phân tích, đánh giá tác động của hội nhập đến hiệu quả hoạt động một số ngành hàng nông sản; (3) Đánh giá áp lực điều chỉnh cơ cấu trong một số ngành hàng nông sản; (4) Nghiên cứu, đánh giá các vấn đề sinh kế, giảm nghèo và doanh nghiệp nông thôn trong quá trình hội nhập.
Có thể thấy, việc tiến hành các đánh giá tác động hội nhập rất quan trọng và thiết thực. Các kết quả của Dự án sẽ là nguồn thông tin quan trọng, làm luận cứ đầu vào cho Dự thảo Chiến lược Hội nhập Quốc tế ngành NN&PTNT đến 2020 sẽ trình Thủ tướng Chính phủ trong năm 2013; đồng thời góp phầnthực hiện Chỉ thị số 01/CT-TTg ngày 09/01/2012 của Thủ tướng Chính phủ về một số biện pháp triển khai chủ trương chủ động và tích cực hội nhập quốc tế và Nghị quyết 22/NQ-TW ngày 10/4/2013 của Bộ Chính trị về hội nhập quốc tế.
Tại Hội thảo, Thứ trưởng Nguyễn Thị Xuân Thu đã đánh giá cao kết quả nghiên cứu của Dự án, đồng thời nhấn mạnh sự cần thiết phải giới thiệu rộng rãi kết quả này tới các nhà hoạch định chính sách, nghiên cứu khoa học, các hiệp hội, doanh nghiệp đến từ các Bộ, ngành Trung ương và địa phương. Bà cũng hy vọng Dự án sẽ tiếp tục nhận được các ý kiến đóng góp quý báu để bổ sung, hoàn thiện các kết quả nghiên cứu; đưa ra khuyến nghị, chính sách phát triển nhằm tăng cường năng lực cạnh tranh của các ngành hàng nông sản, tối đa hóa các lợi ích từ hội nhập kinh tế quốc tế đối với nông nghiệp, nông thôn, hoàn thiện chính sách phát triển của Việt Nam trong tương lai.