Những điểm cần lưu ý về thuế GTGT khi mua bán nông, lâm, thủy sản “chưa chế biến”

Miễn kê khai thuế GTGT trong giao dịch "tổ chức - tổ chức"

Theo Nghị định mới, các doanh nghiệp, hợp tác xã khi mua bán các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến (hoặc chỉ qua sơ chế thông thường) với nhau ở khâu thương mại sẽ không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Điều quan trọng là doanh nghiệp mua vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Quy định này nhằm giảm bớt thủ tục và chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp trong chuỗi lưu thông nội bộ. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần lưu ý phân biệt rõ đối tượng mua bán để áp dụng đúng:

- Nếu bán cho doanh nghiệp/hợp tác xã khác: Không phải kê khai, nộp thuế.

- Nếu bán cho hộ, cá nhân kinh doanh hoặc các tổ chức khác: Vẫn phải tính thuế GTGT theo mức thuế suất 5%.

- Đối với doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp trực tiếp: Phải nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 1% trên doanh thu.

Để áp dụng đúng quy định, doanh nghiệp cần xác định chính xác ba yếu tố:

- Hàng hóa có thực sự là "chưa chế biến" hoặc "sơ chế thông thường" không?

- Đối tác mua hàng là tổ chức hay cá nhân?

- Phương pháp tính thuế đang áp dụng là khấu trừ hay trực tiếp?

Chỉ cần sai sót một trong ba yếu tố này, nghĩa vụ thuế và cách lập hóa đơn sẽ thay đổi hoàn toàn, dẫn đến rủi ro bị truy thu.

Gỡ điều kiện "người bán đã nộp thuế" cho hồ sơ hoàn thuế cũ

Song song với các thay đổi trong khâu thương mại, Nghị định 359 còn mang đến tác động tích cực cho hoạt động hoàn thuế GTGT. Cụ thể, Chính phủ đã bãi bỏ các quy định cũ ràng buộc điều kiện hoàn thuế với việc "người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT".

Đáng chú ý nhất là cơ chế chuyển tiếp rõ ràng: Đối với những hồ sơ hoàn thuế đã được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày 01/01/2026 nhưng chưa có quyết định hoàn, doanh nghiệp sẽ được miễn trừ điều kiện xác minh người bán đã nộp thuế đối với các hóa đơn đầu vào.

Đây được xem là bước tháo gỡ mang tính thực tiễn cao, giúp giải phóng doanh nghiệp khỏi rủi ro bị "treo" tiền hoàn thuế do lỗi của đối tác - một vấn đề nan giải trong bối cảnh chuỗi cung ứng phức tạp hiện nay. Việc ấn định mốc thời gian cụ thể 01/01/2026 cũng tạo ra một làn ranh pháp lý minh bạch, giảm thiểu tranh cãi trong quá trình xử lý hồ sơ.

Để tận dụng tối đa chính sách này, ngay từ đầu năm 2026, doanh nghiệp cần nhanh chóng rà soát lại toàn bộ quy trình: từ việc phân loại đối tác mua hàng, chuẩn hóa mô tả hàng hóa cho đến việc lưu trữ cẩn thận các thông báo tiếp nhận hồ sơ cũ. Trong bối cảnh chính sách thuế liên tục được tinh chỉnh để vừa siết chặt minh bạch vừa giảm tải thủ tục, sự chủ động cập nhật và hiểu đúng quy định chính là chìa khóa để doanh nghiệp tối ưu hóa lợi ích và tránh rủi ro tuân thủ.