Hệ vi khuẩn: Đối với hệ vi khuẩn trong đường ruột tôm, cho đến nay vẫn còn rất ít nghiên cứu về vai trò của chúng trong tôm. Nhưng những phát hiện cho đến nay trong việc bổ sung các vi sinh vào đường ruột của tôm đã hỗ trợ một vai trò cơ bản trong việc nâng cao sức khỏe tôm. Đặc biệt là các nghiên cứu khác nhau cho thấy chế phẩm sinh học trong thức ăn có khả năng điều chỉnh hệ vi sinh vật đường ruột tôm, tác động tích cực về việc giảm stress, chống ôxy hóa và cải thiện sự sống cho tôm. Mối liên hệ giữa vi khuẩn trong môi trường và vi khuẩn đường ruột luôn tác động qua lại với nhau do hoạt động thông thường của vi khuẩn qua các hoạt động tiêu hóa, thức ăn đi vào ruột, nước di chuyển qua đường miệng, do vi khuẩn cư trú tạm thời và nhiều nhân tố khác như hình dáng, cấu tạo bên ngoài của vật nuôi, cấu trúc hệ tiêu hóa, chế độ ăn, điều kiện sống của vật chủ và vụ nuôi.
Quản lý hệ vi khuẩn trong ao: Các khái niệm xử lý sinh học đã được áp dụng rộng rãi trong nuôi trồng thủy sản trong nhiều thập kỷ qua với mục đích tạo thuận lợi cho việc quản lý các hợp chất hữu cơ và nitơ tích tụ trong hệ thống nuôi. Tiêu chí lựa chọn một vi khuẩn để sử dụng trong ao nuôi gồm: có khả năng cạnh tranh; thích nghi với các môi trường khác nhau (độ mặn, ôxy hòa tan…); an toàn; hoạt động đối kháng khuẩn; có khả năng loại bỏ nitơ và các chất hữu cơ. Trong ao nuôi tôm, thường sử dụng các nhóm vi sinh vật có tính đối kháng hoặc cạnh tranh thức ăn với vi sinh vật gây bệnh như vi khuẩn Bacillus sp, Bacillus licheniformis… Nhóm cải thiện chất lượng môi trường như vi khuẩn Nitrosomonas, Nitrobacter, Actinomyces, Bacillus, Rhodobacter sp, Rhodospirillum, Rhodopseudomonas viridis...
Việc sử dụng các vi khuẩn có lợi để quản lý hệ vi sinh trong ao nuôi có tác dụng làm sạch nền đáy ao, phân hủy chất hữu cơ hấp thu xác tảo, làm giảm sự gia tăng lớp bùn ao, ức chế sự hoạt động và phát triển của các vi khuẩn có hại, chuyển hóa các khí độc gây hại cho tôm. Một số chủng vi khuẩn khi sử dụng sẽ làm tăng hàm lượng ôxy, ổn định pH và các chỉ số môi trường trong ao nuôi. Hoặc sử dụng hệ thống nuôi Biofloc cũng có khả năng quản lý thành công hệ vi sinh trong ao.
Quản lý hệ vi khuẩn đường ruột: Đường ruột gần như là bộ phận quan trọng nhất đối với tôm và mục tiêu cho các bệnh nguy hiểm. Bởi cơ thể tôm có cấu tạo rất đơn giản và rất dễ mẫn cảm với mầm bệnh. Hiện các bệnh xuất hiện phần lớn đều xuất phát từ đường ruột như phân trắng, hội chứng tôm chết sớm (EMS)… Vào thời điểm việc sử dụng kháng sinh ngày càng hạn chế, thì việc quản lý hệ vi khuẩn đường ruột một cách tích cực thông qua việc bổ sung các chế phẩm vào thức ăn là một cách tiếp cận đầy hứa hẹn. Theo nghiên cứu của các nhà khoa học, việc bổ sung các vi khuẩn có lợi vào đường ruột giúp tôm tiêu hóa tốt thức ăn, hấp thụ dinh dưỡng, hạn chế độc tố, ức chế vi khuẩn có hại, bảo vệ sức khỏe tôm nuôi và giúp phòng bệnh trên tôm như phân trắng… nâng cao tỉ lệ sống. Nhóm vi khuẩn được sử dụng cho việc cải thiện đường ruột tôm bằng cách trộn vào thức ăn thường là các vi khuẩn Lactobacillus, Bacillus sp, Saccharomyces... Chế phẩm sinh học được khuyến cáo sử dụng trong mọi giai đoạn của nghề nuôi tôm, bắt đầu từ khi con giống đến lúc nuôi thương phẩm. Bởi các nghiên cứu đã chỉ ra rằng những con giống được sản xuất dựa trên việc sử dụng thường xuyên chế phẩm sinh học có tỉ lệ sống và sức tăng trưởng cao hơn những con giống bị ảnh hưởng bởi việc sử dụng kháng sinh hay hóa chất. Đồng thời, các vi khuẩn có lợi còn tiết ra các enzym có khả năng phân tách các đa chất thành các đơn chất giúp tôm dễ hấp thụ dinh dưỡng, chống rối loạn đường tiêu hóa của tôm.