Nghị định 83/2013/NĐ-CP ngày 22.7.2013 của Chính phủ quy định các trường hợp thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế trong đó có: “Hàng hóa nhập khẩu theo giấy phép, hàng hóa nhập khẩu phải đảm bảo các quy định quản lý nhà nước về kiểm dịch, vệ sinh an toàn thực phẩm, kiểm tra chất lượng hàng hóa”. Theo đó, các DN nhập khẩu thủy sản phải kiểm dịch vệ sinh an toàn thực phẩm (VSATTP) nên thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau. Các trường hợp thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế tại Nghị định 83/2013/NĐ-CP được quy định tại Điểm h, Khoản 2, Điều 41.
Ngày 25.3.2015, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 38 quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu và nhập khẩu. Theo Điểm d.1 và Điểm d.3 Khoản 5 Điều 129 của Thông tư 38 thì hàng nguyên liệu thủy sản nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu sẽ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.
Hiện tại, việc kiểm tra chất lượng sản phẩm và hoàn thuế là hai vấn đề tách bạch, không liên quan đến nhau. Vì vậy, không thể lấy quy trình kiểm tra để làm chậm quá trình hoàn thuế cho doanh nghiệp. Trên thực tế, các loại thực phẩm nói chung và thủy sản nhập khẩu nói riêng đều phải đảm bảo các yêu cầu của nhà nước, cơ quan quản lý chức năng về kiểm dịch VSATTP, chất lượng hàng hóa… Song có trên 90% nguyên liệu thủy sản được các doanh nghiệp nhập khẩu vào Việt Nam để phục vụ mục đích chế biến xuất khẩu chứ không tiêu thụ trong nước.
Theo số liệu thống kê của Tổng cục Hải quan, năm 2015, kim ngạch nhập khẩu nguyên liệu thủy sản phục vụ chế biến trong nước ước đạt trên 1 tỉ USD. Như vậy, số tiền hoàn thuế mà doanh nghiệp nhập khẩu thủy sản sẽ nhận được là rất lớn. Đồng nghĩa với việc, trong khi chờ đợi kiểm tra, doanh nghiệp sẽ bị thiếu hụt một lượng vốn lưu động lớn để sản xuất kinh doanh. Điều này vô hình chung sẽ làm giảm khả năng cạnh tranh và đi ngược lại với xu thế cắt giảm hàng rào thuế quan trong các Hiệp định Thương mại Tự do mà Việt Nam đã ký kết.
Để tháo gỡ khó khăn vướng mắc cho DN xuất nhập khẩu thủy sản, góp phần nâng cao năng lực cạnh tranh cho các DN, giảm chi phí xã hội, Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) đã kiến nghị Bộ Tài chính xem xét và trình Chính phủ sửa đổi nội dung Điểm h Khoản 2 Điều 41 trong Nghị định 83/2013/NĐ-CP để các mặt hàng thủy sản nhập khẩu được hoàn thuế trước, kiểm tra sau.