Do nhu cầu nguyên liệu đầu vào của doanh nghiệp không ổn định dẫn đến giá cá tra lúc tăng lúc giảm, người nuôi chủ yếu sản xuất cầm cự, không thả nuôi nhiều. Sản lượng thu hoạch cá tra 5 tháng đầu năm 2016 của các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long giảm đáng kể (-7%) so với cùng kỳ, ước đạt 358.508 tấn. Trong đó các tỉnh có sản lượng giảm mạnh như: Vĩnh Long 31.178 tấn (-13%), An Giang 82.685 tấn (-17%), Đồng Tháp 15.961 tấn (-7%).
Tình hình thời tiết bất lợi trong tháng đã ảnh hưởng rất lớn đến sản xuất tôm. Diện tích tôm bị thiệt hại khá lớn mà nguyên nhân chủ yếu vẫn là do nắng nóng, độ mặn cao. Ngoài ra, giống kém chất lượng cũng là một tác nhân lớn làm cho tôm chết khá nhiều. Các cơ quan chức năng đang tăng cường công tác kiểm tra, khảo sát nhằm hạn chế thiệt hại. Sản lượng thu hoạch tôm sú và tôm thẻ chân trắng của các tỉnh vùng đồng bằng sông Cửu Long 5 tháng đầu năm đều giảm so với cùng kỳ năm trước, cụ thể như sau: Tôm sú: diện tích ước đạt 526.281 ha, tăng 2%, sản lượng ước đạt 72.257 tấn (-12%); Tôm thẻ chân trắng: diện tích ước đạt 24.017 ha (-5%), sản lượng ước đạt 40.811 tấn (-14%).