Theo Trung tâm Giống và kỹ thuật thủy sản (Sở NN-PTNT), hiện môi trường nước nuôi trồng thủy sản tại một số vùng nuôi trong tỉnh không ổn định. Qua lấy mẫu phân tích cho thấy, nước tại một số vùng nuôi cách xa cửa biển như An Cư (Tuy An), Hòa Xuân Đông, Hòa Tâm (Đông Hòa) vẫn duy trì độ mặn và độ kiềm thấp, ô nhiễm dinh dưỡng cũng được phát hiện ở các vùng nuôi này. Cụ thể, độ mặn tại các vùng nuôi ở TX Sông Cầu cao và ổn định trong khoảng 32 đến 35‰, riêng vùng nuôi xã Xuân Lộc độ mặn thấp hơn 25‰. Tại huyện Tuy An, độ mặn ở hầu hết vùng nuôi đầm Ô Loan trong khoảng 19 đến 22‰; khu vực xã An Cư do xa cửa biển và ảnh hưởng của nước ngọt từ sông Cái và sông Hà Yến đổ xuống nên độ mặn tương đối thấp, dưới 10‰. Ở huyện Đông Hòa, độ mặn các vùng nuôi phía trên hạ lưu sông Bàn Thạch (Phước Giang, Phước Long, Hòa Xuân Đông) thấp, trong khoảng 2 đến 3‰; vùng phía dưới gần cửa sông Đà Nông và khu vực xã Hòa Hiệp Nam, độ mặn khoảng 10‰. Vùng nuôi tôm trên cát xã Hòa Hiệp Bắc, nước lấy từ biển vào có độ mặn khoảng 35‰. Tương ứng với độ mặn thấp, các vùng nuôi Phước Giang, Phước Long, Hòa Xuân Đông (Đông Hòa), An Cư (Tuy An) có độ kiềm thấp khoảng 30 đến 40ppm. Độ kiềm ở các vùng nuôi khác ổn định trong ngưỡng cho phép (trên 100 đến 120ppm). Nhìn chung tại thời điểm thu mẫu các vùng đều có pH nước nằm trong ngưỡng cho phép từ 7,5 đến 8,3. Một số vùng có pH nước hơi thấp khoảng 7,3 như các vùng nuôi phía trên hạ lưu sông Bàn Thạch.
Theo Trung tâm Giống và kỹ thuật thủy sản Phú Yên, hàm lượng Phosphat tại các điểm thu mẫu đều trong ngưỡng cho phép. Tuy nhiên, ở hầu hết các vùng nuôi đầm Ô Loan và hạ lưu sông Bàn Thạch đã phát hiện ô nhiễm dinh dưỡng với hàm lượng NH3-N hoặc NO2-N cao vượt ngưỡng cho phép, lần lượt dao động trong khoảng 0,5 đến 1ppm và 0,1 đến 0,3ppp. Một số điểm như cầu Vạn Củi, Diêm Hội (Tuy An), Vũng Tàu (Đông Hòa) có hàm lượng ôxy hòa tan thấp, trong khoảng 3,8 đến 4,2ppm), trong khi COD ở các điểm thu mẫu đều thấp trong ngưỡng cho phép. Ở một vài điểm thu mẫu như Phước Giang, Phước Long (xã Hòa Tâm, Đông Hòa) còn phát hiện ô nhiễm sắt. Vùng nuôi Vũng Tàu (Đông Hòa), bên cạnh nguy cơ ô nhiễm dinh dưỡng còn phát hiện ô nhiễm vi sinh, với mật độ vibrio tổng số là 29,7x102CFU/ml, gấp 3 lần ngưỡng cho phép.
Tình hình thả giống tại các vùng nuôi tôm ở Phú Yên tương đối chậm, nhiều diện tích nuôi tôm trong tỉnh chuyển sang thả nuôi các đối tượng khác như cá mú, cá chẽm, ốc hương, cua xanh hoặc nuôi kết hợp cua xanh và tôm. Bệnh tôm nuôi tiếp tục diễn biến phức tạp tại các vùng nuôi thuộc huyện Tuy An. Bà Lê Thị Hằng Nga, Phó giám đốc Trung tâm Giống và kỹ thuật thủy sản, cho biết: Tình hình bệnh tôm trên tôm nuôi vẫn đang diễn biến phức tạp, người nuôi tôm trong tỉnh cần thực hiện nghiêm túc các quy định về phòng chống dịch bệnh, từ khâu vệ sinh ao đìa, cấp nước, thả giống và chăm sóc ao nuôi. Đối với những ao phát hiện có thủy sản nuôi bị bệnh, bà con cần thực hiện khử trùng, tiêu độc nước trong ao trước khi xả thải ra vùng nuôi bằng chlorin liều 30 đến 50ppm. Việc báo cáo với cơ quan chức năng về tình hình dịch bệnh trong vùng là cần thiết nhằm giúp tăng cường quản lý và hạn chế sự lây lan dịch bệnh cho toàn vùng nuôi, hạn chế thiệt hại cho cả cộng đồng.