Thời gian gần đây, một số tỉnh ĐBSCL, đặc biệt là tại tỉnh Đồng Tháp, người dân tự ý đưa thẻ chân trắng là tôm nước lợ vào nuôi trong vùng nước ngọt, vùng đất chuyên trồng lúa, gây phá vỡ quy hoạch. Để nuôi được tôm nước lợ trong vùng nước ngọt, người dân tự ý khoan giếng lấy nước ngầm, dùng muối để nâng độ mặn cho ao nuôi... Điều này làm ảnh hưởng đến hệ sinh thái, gây mặn hóa vùng nuôi, ô nhiễm tầng nước ngầm và lâu dài sẽ ảnh hưởng đến diện tích trồng lúa và cây trồng khác xung quanh.
Theo quy định hiện hành của Bộ NN-PTNT, tôm thẻ chân trắng là đối tượng nuôi có điều kiện, chỉ được thả nuôi thâm canh công nghiệp trong vùng quy hoạch nuôi tôm nước lợ, không được nuôi quảng canh hoặc nuôi trong vùng nước ngọt.