Theo đó, dự kiến tổng vốn đầu tư thực hiện đề án là 709 tỷ đồng, trong đó nguồn ngân sách trung ương 271 tỷ đồng; ngân sách tỉnh 37 tỷ đồng; các nguồn hợp pháp khác 401 tỷ đồng.
Đối với vốn trung ương sử dụng cải tạo nâng cấp, đầu tư mới cơ sở hạ tầng vùng sản xuất giống, vùng nuôi tôm tập trung.
Nguồn vốn địa phương được bố trí kinh phí quan trắc, cảnh báo môi trường, giám sát dịch bệnh, hiệu chỉnh máy móc thiết bị, chuyển giao khoa học công nghệ, mô hình trình diễn, xúc tiến thương mại, tham quan học tập kinh nghiệm quản lý sản xuất.
Các nguồn vốn khác (nguồn vốn xã hội hóa, vốn tự có, vốn vay của các tổ chức tín dụng, vốn huy động trong nhân dân...) sử dụng cải tạo, nâng cấp, đầu tư mới hạ tầng cơ sở nuôi tôm, mua tôm giống, thức ăn, máy móc thiết bị, điện, thuốc, hóa chất, chế phẩm sinh học, các công trình phụ trợ...
Nguồn vốn đầu tư được phân theo 2 giai đoạn: giai đoạn 2017 - 2020 đầu tư 311 tỷ đồng, giai đoạn 2021 - 2025 đầu tư 398 tỷ đồng.