Thời gian qua, các ngành hữu quan đã hỗ trợ cho ngành thủy sản huyện, nhất là cải thiện di truyền đàn cá hậu bị từ Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản II thay thế đàn cá bố mẹ kém chất lượng, quy hoạch vùng nuôi cá tra tập trung. Ương nuôi cá tra cũng là một trong những nghề truyền thống của huyện, người trong nghề ở đây sớm tiếp cận công nghệ mới nên trình độ sản xuất giống cũng được nâng lên... Tuy nhiên, việc tiêu thụ và giá cả thủy sản thời gian qua không ổn định, nguyên liệu đầu vào tăng, kéo theo giá thành sản xuất cũng tăng mạnh.
Theo tính toán, thời điểm trước, giá cá tra thịt trắng lên cao ở mức từ 26.500 đến hơn 27.000 đồng/kg. Song đến nay, giá cá tiếp tục giảm còn 21.000 đồng/kg, người nuôi phải chịu lỗ từ 3.500 - 4000 đồng/kg, kéo theo tình trạng ương nuôi cá tra giống trên địa bàn huyện giảm và chuyển sang nuôi những loại thủy sản khác khoảng 20-30% . Theo UBND huyện, tình hình sản xuất thủy sản thì diện tích nuôi cá tra thương phẩm và cá tra giống giảm. So với năm 2011, diện tích nuôi cá tra thương phẩm năm 2012 giảm 5,6ha, giảm 110ha nuôi cá tra giống.
Theo nhận định của ngành nông nghiệp huyện, khó khăn trong nghề ương nuôi cá tra giống của địa phương còn phụ thuộc nhiều về thị trường. Do đó, khi có sự không ổn định về mặt cung cầu, thiếu liên kết giữa các chuỗi trong ngành cá tra đã dẫn đến các hệ lụy. Đồng thời, sản phẩm qua quá nhiều thương lái trung gian nên làm giảm giá trị thực của con cá.
Trước những sức ép trên, nguồn vốn đối với những hộ nuôi lại thiếu, việc tiếp cận vốn lại không dễ dàng, việc liên kết sản xuất và tiêu thụ giữa nông dân và công ty chưa gắn kết chặt chẽ.
Để phát triển nghề sản xuất nuôi trồng thủy sản của huyện, ông Nguyễn Văn Mẫn - Trưởng Phòng Nông nghiệp huyện Hồng Ngự chia sẻ: "Từ năm 2012 đến nay, từ tình trạng khủng hoảng thừa của cá tra giống, giá giảm sâu, người nuôi bị lỗ. Ngoài ra, người nuôi cá tra giống chưa tiếp xúc được nguồn vốn ưu đãi. Muốn phát triển nghề nuôi cá giống ổn định trên địa bàn huyện, cần có sự liên kết chặt chẽ giữa vùng nuôi cá tra thương phẩm và nhu cầu sản xuất của các doanh nghiệp, tránh tình trạng cung vượt cầu, từ đó sẽ tạo điều kiện nghề ương cá tra giống phát triển; cần có chính sách cho vay đối với nhà máy xuất khẩu để có vốn xoay mua cá của dân. Đồng thời, hướng người dân đến quy trình sản xuất cá sạch và xây dựng thương hiệu cho cá tra giống huyện cũng là nhu cầu bức thiết..."