Nhiều hộ dân trên địa bàn 02 quận, huyện kết thúc vụ nuôi nhưng chưa tìm được nguồn cá giống để thả nuôi vụ mới (trên 60 ha). Hơn nữa giá cá nguyên liệu hiện nay đang ở mức cao dao động từ 25.500-26.000 đồng/kg cao hơn 5.000 – 6.000 đ/kg so với cùng kỳ vì thế càng làm tăng nhu cầu thả nuôi dẫn đến nguồn cung cá giống trên địa bàn càng thiếu hụt, nhiều hộ nuôi phải đi lên vùng đầu nguồn Tân Châu, Hồng Ngự để tìm nguồn cá giống cho mùa vụ mới.
Mặt khác nguồn cá giống khan hiếm cũng làm tăng nguy cơ rủi ro cho người nuôi hơn vì nguồn cá giống không rõ nguồn gốc và không đạt chất lượng do người nuôi tìm đến các trại giống không uy tín. Bên cạnh đó tình hình dịch bệnh trên cá tra ngày càng khó lường do tác động từ thời tiết thất thường, nguồn nước ở đồng bằng sông Cửu Long cũng chịu ảnh hưởng ít nhiều từ việc nuôi trồng thủy sản và các ngành nghề khác, bên cạnh đó tình hình giá cá tra thương phẩm luôn biến động thất thường, mức độ rủi ro rất cao. Vì thế để hạn chế rủi ro trong quá trình nuôi thâm canh cá tra trên địa bàn, người nuôi cá cần chọn nguồn cá giống có chất lượng và cơ sở kinh doanh có uy tín, duy trì môi trường ao nuôi ổn định, thường xuyên cập nhật tình hình thời tiết, giá cả thị trường… từ đó đưa ra các biện pháp xử lý kịp thời và hiệu quả để mùa vụ mới mang lại lợi nhuận cao nhất.