Theo đó, kết quả phân tích mẫu nước của Trung tâm Giống và Kỷ thuật Thủy sản Phú Yên cho thấy: Thành phần tảo giáp chiếm ưu thế, mật độ tế bào tảo rất cao, tế bào tảo tương đối lớn có khả năng sắp tàn; Chỉ tiêu NH3, PO4 vượt ngưỡng cho phép trong nuôi trồng thủy sản, chỉ tiêu Oxy hòa tan trong nước quá thấp.
Còn kết quả phân tích mẫu bệnh do Chi cục Chăn nuôi và Thú y lấy mẫu tôm hùm gửi Cơ quan Thú y vùng 4 xét nghiệm các bệnh truyền nhiễm cho thấy tôm bị nhiễm bệnh sữa.
Như vậy, từ những kết quả trên, Sở NN-PTNT nhận định ban đầu nguyên nhân tôm hùm chết là do mật độ nuôi quá dày cả về số lượng lồng nuôi và số con/ lồng nuôi.
Cụ thể, tại thời điểm kiểm tra người nuôi thả từ 150 - 300 con/lồng ( đối với tôm hùm xanh) và 70 - 75 con/lồng (đối với tôm hùm bông), thức ăn dư thừa, chất thải từ hoạt động nuôi tích tụ, gây ô nhiễm nguồn nước tại khu vực nuôi.
Bên cạnh đó những ngày gần đây thời tiết chuyển đổi đột ngột, có mưa dông đã làm nước có hiện tượng phân tầng (qua kiểm tra nước ở tầng đáy rất lạnh), nắng nóng kéo dài, cường độ ánh sáng mạnh, nhiệt độ cao làm quá trình phân hủy hữu cơ ở tầng đáy diễn ra mạnh và tảo phát triển quá mức (thời điểm xảy ra sự cố, nước tại khu vực nuôi chuyển màu đỏ) gây hiện tượng thiếu oxy cục bộ vào ban đêm khiến thủy sản nuôi và sống trong tự nhiên bị chết ngạt.
Mặt khác, khi tôm bị yếu tác nhân gây bệnh luôn có sẵn trong môi trường nước nên dễ dàng xâm nhập vào cơ thể tôm nuôi làm tôm chết nhanh hơn.