Trong đó, TX Sông Cầu gần 80.450 lồng, huyện Tuy An 7.130 lồng, Đông Hòa 11.470 lồng; số lồng nuôi này cao gấp 2 lần so quy hoạch. Nguyên nhân là do người nuôi không khai báo, địa phương quản lý lồng bè chưa chặt chẽ dẫn đến công tác thống kê không đầy đủ.
Để quản lý chặt chẽ không để phát sinh hộ nuôi lồng, bè mới và đóng mới lồng, bè, ngành Nông nghiệp đôn đốc, hướng dẫn UBND các xã, phường lập phương án sắp xếp lồng, bè, giao (cho thuê) mặt nước NTTS, đồng thời hướng dẫn các địa phương thống kê, báo cáo tình hình đăng ký kê khai ban đầu và củng cố các tổ quản lý cộng đồng NTTS để quản lý vùng nuôi.
Cùng với việc phát triển nuôi trồng thủy sản bền vững, Sở NN-PTNT, Sở TN-MT và Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản III (TP Nha Trang, Khánh Hòa) xây dựng kế hoạch, phối hợp giám sát dịch bệnh và quan trắc môi trường thường xuyên, rộng khắp, kịp thời tổng hợp kết quả và hướng dẫn người nuôi phòng trị bệnh trên thủy sản.