Tại Hội nghị, các ý kiến đã tập trung thảo luận các nội dung đạt được từ Hội nghị lần thứ 5 và đề xuất các nội dung hợp tác trong năm 2016 - 2017 nhằm tăng cường hơn nữa sự hợp tác về thủy sản giữa hai nước. Cụ thể: Về trao đổi thông tin và dữ liệu nghề cá, hai bên đã thông báo tình hình sản xuất và cung cấp số liệu thống kê năm 2015 về nuôi trồng, khai thác và xuất khẩu thủy sản, cam kết việc chia sẻ thông tin trong lĩnh vực thủy sản luôn được đảm bảo. Về khai thác thủy sản, Việt Nam bày tỏ mối quan tâm trong việc phát triển liên doanh khai thác thủy sản giữa hai nước. Về việc chống đánh bắt bất hợp pháp, hai bên đã thống nhất về quy trình sử dụng đường dây nóng chống đánh bắt bất hợp pháp (IUU), ngăn chặn và giải quyết vấn đề về tàu cá, ngư dân vi phạm vùng biển của nhau và các hình thức trao đổi thông tin theo mẫu quy định trong hướng dẫn thực hiện. Đồng thời cũng tăng cường hệ thống cấp giấy phép và giám sát tàu thuyền của hai nước trong nỗ lực chống đánh bắt bất hợp pháp (IUU), các biện pháp xử lý đối với các trường hợp IUU của mỗi nước.
Về nuôi trồng thủy sản, hai bên thống nhất trong hợp tác kỹ thuật thông qua việc trao đổi giữa các chuyên gia, các nhà khoa học, nhà quản lý và các doanh nghiệp. Hai bên sẽ phối hợp tổ chức Diễn đàn kỹ thuật và doanh nghiệp lần thứ nhất ngay trước Hội nghị lần thứ 7 Nhóm công tác chung trong lĩnh vực thủy sản giữa Việt Nam – Phi-líp-pin vào giữa năm 2017 tại Phi-líp-pin. Về bảo quản sau thu hoạch và chế biến thủy sản, Hội nghị thống nhất để tiến tới Hiệp định công nhận lẫn nhau (MRA), hai bên sẽ xem xét về Thoả thuận hợp tác kỹ thuật về kiểm soát chất lượng và an toàn thực phẩm của các sản phẩm thuỷ sản xuất nhập khẩu. Hai bên sẽ cùng nhau xây dựng thoả thuận hợp tác kỹ thuật đối với sản phẩm tươi sống đông lạnh có tham chiếu theo Luật an toàn thực phẩm mới ban hành của Phi-líp-pin. Dự thảo thoả thuận sẽ bao gồm các nội dung: trao đổi thông tin, các chuyến thăm để trao đổi thông tin về an toàn và chất lượng thuỷ sản; thiết lập hệ thống kiểm tra và chứng nhận; thủ tục, cách thức và năng lực xét nghiệm.
Nhân dịp này, hai bên đã tổ chức kí kết Quy chế hoạt động đường dây nóng (đại diện phía Việt Nam là Ông Lưu Văn Huy, Cục trưởng cục Kiểm ngư và đại diện phía Phi-líp-pin là Tiến sĩ Nilo S Katada phụ trách Kiểm ngư của bạn). Thành công của Hội nghị đã góp phần tích cực tăng cường quan hệ hợp tác hữu nghị trong lĩnh vực nông nghiệp nói chung, thủy sản nói riêng và mối quan hệ hữu nghị và chiến lược giữa hai nước hiện nay.