Theo VASEP, một số doanh nghiệp phản ánh về những vướng mắc, bất cập trong công tác xác nhận Cam kết hàng thủy sản xuất khẩu sang EU chế biến từ nguyên liệu nhập khẩu có chuyển tải tại các cảng của các nước không hợp tác về IUU với Liên minh EU – như cảng Majuro thuộc quần đảo Mashall, hoặc các cảng thuộc quốc đảo Kiribati.
Theo công văn số 678/QLCL-CL1 ngày 11-4-2016 của Cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản , Cục chỉ đạo sẽ không cấp Xác nhận cho các lô hàng XK có sử dụng nguyên liệu NK được chuyển tải từ cảng Majuro thuộc quần đảo Mashall nói riêng và các cảng thuộc quốc gia không có trong danh sách các nước thứ ba có thông báo cơ quan thẩm quyền đến EU nói chung.
Việc này đồng nghĩa với việc từ sau ngày 11-4-2016 toàn bộ các lô hàng XK sang EU đã, đang và sẽ sử dụng nguyên liệu từ nguồn nhập khẩu thuộc phạm vi đề cập nêu trên sẽ không được cấp Giấy xác nhận cam kết khi DN đề nghị theo quy trình thủ tục hành chính tại Thông tư 50/2015/TT-BNNPTNT ngày 30-12-2015 quy định về chứng nhận, xác nhận thủy sản khai thác. Trong khi nhiều DN đã và đang nhập khẩu nguyên liệu hải sản khai thác tương tự từ các khu vực này để chế biến XK bình thường vào EU trong thời gian qua và hiện vẫn còn nhiều lô nguyên liệu đã nhập khẩu và hợp đồng XK sang EU cũng đã được ký kết.
Căn cứ trên những phân tích theo các quy định của EU, theo ý kiến của VASEP và cộng đồng DN, nếu vì mục đích phục vụ cho công tác quản lý nhà nước thì Cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản có thể xác minh những thông tin cần theo những cách thức phù hợp nhất, nhưng không thể vì lý do đó mà bỗng dưng ngưng lại toàn bộ việc cấp Giấy xác nhận cam kết cho doanh nghiệp. Điều này đang gây khó khăn và cản trở việc XK của DN, gây nên nhiều tốn kém cả về thời gian, chi phí và cơ hội cho DN trong bối cảnh khó khăn hiện nay.