Qua khảo sát cho thấy, việc ươm cá tra bột bước đầu mang lại hiệu quả kinh tế, góp phần tăng thu nhập cho nông dân. Tuy nhiên, hiện nay, quá trình sản xuất còn gặp nhiều khó khăn như diện tích ao nuôi ở khu vực Đồng Tháp Mười tăng đột biến, việc thả nuôi ồ ạt khiến chất lượng cá bột không bảo đảm,... Bên cạnh đó, đa số người nuôi không được tập huấn các kỹ thuật ươm, xử lý nước xả; nhiều ao nuôi không có hệ thống ao lắng, không có các biện pháp xử lý nước thải, tiềm ẩn nguy cơ ô nhiễm môi trường nước; thị trường tiêu thụ không ổn định do phụ thuộc vào tình hình nuôi cá thương phẩm ở các tỉnh: Đồng Tháp, Tiền Giang, An Giang,... khiến việc ươm cá bột đối diện với rất nhiều rủi ro.
Trước tình hình đó, UBND thị xã Kiến Tường đề nghị các xã, phường không khuyến khích việc chuyển đổi từ trồng lúa sang đào ao nuôi cá, thường xuyên tổ chức tuyên truyền các quy định về xử phạt vi phạm hành chính nếu người dân tự ý chuyển mục đích sang nuôi trồng thủy sản khi chưa được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cấp phép, tránh việc nuôi trồng ồ ạt, không đạt hiệu quả, ảnh hưởng đến quy hoạch trồng lúa chung của toàn thị xã.