Trong giai đoạn chuẩn bị ao nuôi, người nuôi tôm thường sử dụng các loại thuốc Iodine, KMnO4, Chlorine để sát trùng nước ao. Tuy nhiên, việc sử dụng thuốc sát trùng phải được tiến hành trước khi thả tôm giống trong 3 đến 5 ngày để hạn chế tối đa mầm bệnh do vi khuẩn, virus có trong nước.
Từ lúc tôm đã thả được 45 ngày đến khi thu hoạch, giai đoạn này tôm có sức chống chịu cao hơn với thuốc sát trùng. Nhưng người nuôi vẫn cần cẩn thận với các thuốc sát trùng Chlorine, KMnO4 và Idodine do tính diệt tảo và động vật phù du trong ao, ảnh hưởng đến sức khỏe, gây chết tôm đang yếu hoặc đang trị bệnh. Thuốc sát trùng nên được sử dụng khi xung quanh có dịch bệnh, môi trường nước ao tôm dơ bẩn hoặc gần thu hoạch. Chú ý, Chlorine tuyệt đối không được dùng ở tháng cuối. Trong nuôi tôm nước lợ, người nuôi thường chỉ quan tâm tới giá cả và hiệu lực thuốc sát trùng mà quên tác dụng mặt trái của chúng. Nhiều thuốc sát trùng có tác dụng diệt tảo nên khi tảo chết tiêu tốn nhiều ôxy để phân hủy, pH trong ao giảm, khí độc tăng làm tôm giảm ăn. Mặt khác, tôm thường bỏ ăn ngay sau khi đánh thuốc sát trùng do bị sốc hóa chất, hệ miễn dịch suy giảm và dễ nhiễm bệnh. Do đó, thuốc sát trùng được xem là tốt đối với ao tôm khi ít gây hại đến hệ vi sinh vật có lợi, động vật phù du và không ảnh hưởng đến sức khỏe tôm, nhất là khi tôm còn nhỏ, đang lột xác hay khi bị bệnh. Cần lưu ý, sau khi sát trùng nước thì vi khuẩn gây hại sẽ nhanh chóng bùng phát trở lại. Vì thế, người nuôi cần phải cấy vi sinh ngay sau 48 giờ sử dụng để giúp vi khuẩn có lợi bacillus tạo quần thể ưu thế trước, từ đó khống chế mật độ vi khuẩn gây bệnh dưới mức nguy hiểm. Ở điều kiện bình thường, việc sử dụng chế phẩm vi sinh định kỳ có thể lấn át vi khuẩn gây hại trong nước ao nuôi, trong trường hợp áp lực dịch bệnh cao, việc sử dụng thuốc sát trùng là cần thiết vì giúp kiểm soát mật độ vi khuẩn có hại dưới mức nguy hiểm.
Một số tác hại của thuốc sát trùng: Đối với Chlorine, khi pH cao thì hiệu quả sử dụng sẽ giảm, nhất là khi pH trên 8. Khi ao có nhiều mùn bã hữu cơ phải tăng liều, sẽ gây độc tố cho tôm và tốn kém nên chỉ sử dụng Chlorine lúc cải tạo ao. Đối với thuốc tím (KMnO4), do không bền hoặc giảm khả năng diệt trùng dưới ánh nắng mặt trời hoặc ở nhiệt độ cao nên cần phải bảo quản trong các lọ màu nâu đen để tránh ánh sáng trực tiếp, nên sử dụng lúc trời mát; khi hòa vào nước, KMnO4 sẽ tạo ra MnO2 gây độc cho tôm.
