Sau giai đoạn 1 với sự kết nối Cơ chế một cửa quốc gia của các Bộ Tài chính, Bộ Giao thông Vận tải và Bộ Công Thương, Tổng cục Hải quan - Cơ quan Thường trực Ban chỉ đạo Quốc gia, đã tích cực phối hợp với các Bộ thực hiện kết nối giai đoạn 2. Với sự phối hợp chặt chẽ, các đơn vị đã khẩn trương thống nhất quy trình nghiệp vụ và các yêu cầu kỹ thuật đối với thủ tục cấp phép, cấp giấy chứng nhận. Tổng số thủ tục hành chính của 3 Bộ tham gia kết nối lần này dự kiến khoảng 30 thủ tục. Trong đó, thủ tục hành chính của Bộ Nông nghiệp và PTNT liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu thuộc lĩnh vực quản lý của các đơn vị: Tổng cục Thủy sản; Cục Chăn nuôi; Cục Bảo vệ thực vật; Cục Thú y; Cục Trồng trọt; Tổng cục Lâm nghiệp; Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản.
Việc thực hiện thành công Cơ chế một cửa quốc gia sẽ tạo thuận lợi rất lớn cho thương mại và vận tải, mang lại lợi ích to lớn cho cộng đồng doanh nghiệp. Khi áp dụng Cơ chế một cửa quốc gia, doanh nghiệp sẽ rút ngắn được khoảng từ 15% - 30% thời gian thực hiện thủ tục hành chính hoặc nhiều hơn. Bên cạnh đó, hồ sơ do doanh nghiệp phải nộp/xuất trình sẽ được đơn giản hóa và điện tử hóa, qua đó giảm thời gian và chi phí cho chuẩn bị chứng từ, hồ sơ thực hiện thủ tục hành chính. Đối với công tác quản lý nhà nước, đây là cơ sở để tiến hành đo lường hiệu quả hoạt động của cơ quan nhà nước, hỗ trợ cho việc cải cách quy trình thủ tục để phục vụ doanh nghiệp và người dân được tốt hơn.
Tại buổi lễ, Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh và đại diện Bộ Y tế, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Nông nghiệp và PTNT đã chính thức nhấn nút bắt đầu kết nối 3 bộ hệ thống một cửa quốc gia. Theo kế hoạch, trong giai đoạn 2016-2020, cơ quan chức năng sẽ mở rộng cơ chế một cửa quốc gia với tất cả các Bộ, ngành, kết nối đầy đủ với cơ chế một cửa ASEAN và sẵn sàng trao đổi với đối tác thương mại ngoài ASEAN.
Phát biểu tại buổi lễ, Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh biểu dương, đánh giá cao kết quả mà Ban chỉ đạo và các Bộ, Ngành đã triển khai thực hiện trong thời gian qua, đặc biệt là 3 Bộ kết nối Cơ chế một cửa quốc gia trong ngày hôm nay. Đồng thời lưu ý trong thời gian tới, việc triển khai thực hiện, nếu có vướng mắc cần chỉ ra nguyên nhân tồn tại để tìm ra giải pháp khắc phục và sửa đổi. Những Bộ, ngành đã kết nối tiếp tục hoàn thiện quy chế phối hợp trên tinh thần vừa làm vừa hoàn thiện, nêu cao tinh thần phối hợp vì lợi ích chung. Phó Thủ tướng cũng yêu cầu các Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch, Thông tin và Truyền thông, Khoa học Công nghệ kết nối vào đầu Quý 4, phấn đấu trong tháng 10 khi tiến hành phiên họp thứ 6 cơ bản hoàn thành kết nối các bộ trong Cơ chế một cửa ASEAN và một cửa quốc gia.