Do nguồn nguyên liệu thủy sản, nhất là thủy sản biển vẫn chưa đáp ứng được nhu cầu chế biến xuất khẩu (XK) của các doanh nghiệp, cộng với giá nguyên liệu thủy sản có xu hướng đi lên nên nhập khẩu (NK) thủy sản Việt Nam trong giai đoạn này có xu hướng tăng.
Các nước có giá trị XK thủy sản vào Việt Nam trên 20 triệu USD là Đài Loan (34, 844 triệu USD), Indonesia (29,545 triệu USD), Mỹ (25.205 triệu USD), Na Uy (22,358 triệu USD), Nhật Bản (21,026 triệu USD) và Hàn Quốc (20,875 triệu USD).
Trong đó, thị trường Đài Loan cung cấp cho Việt Nam chủ yếu là các mặt hàng cá biển, trong đó cá ngừ vằn chiếm tỷ trọng lớn nhất. Hai thị trường Indonesia và Thái Lan cũng cung cấp một lượng lớn cá ngừ cho Việt Nam, đồng thời đây cũng hai là thị trường XK đáng kể tôm nguyên liệu sang Việt Nam trong những thời điểm tôm nuôi trong nước thiếu và giá tôm tăng cao.
Với tình hình nhập khẩu thủy sản nguyên liệu nói trên, hiện NK thủy sản để gia công và chế biến XK đang chiếm tỷ lệ khoảng 11% so với kim ngạch XK thủy sản. Đây là một tỷ trọng không nhỏ trong tổng kim ngạch XK của Việt Nam, nhưng hiện nay một số chính sách của nhà nước (thuế NK, kiểm soát XK vào EU…) chưa tạo thuận lợi tối đa cho doanh nghiệp gia tăng NK để chế biến XK đem lại nguồn thu ngoại tệ cho đất nước.
Bên cạnh đó, doanh nghiệp thủy sản còn phải đối mặt với hàng loạt khó khăn khác do mức phí kiểm dịch lô hàng thủy sản tăng trên 300% so với quy định cũ, cước phí vận tải biển tăng 2 lần so với năm ngoái, đề xuất phải có bảo lãnh ngân hàng để được ân hạn thuế 275 của Tổng cục Hải quan,… trong khi vấn đề vốn chưa được tháo gỡ, hàng loạt chi phí đầu vào tăng từ 10 đến 35% so với năm ngoái.