Các vùng nuôi như Vũng Diều thuộc xã An Cư (huyện Tuy An), Vũng Tàu thuộc xã Hòa Hiệp Nam, Phước Long, Phước Giang thuộc xã Hòa Tâm, Cầu Xác Cháy thuộc xã Hòa Xuân Đông (huyện Đông Hòa) độ mặn rất thấp, dao động từ 2-7‰. Chỉ tiêu độ kiềm ở một số điểm rất thấp như cầu An Hải, Vũng Diều, An Hiệp (huyện Tuy An), Vũng Tàu, Phước Long, Phước Giang, Cầu Xác Cháy không phù hợp với nuôi trồng thủy sản. Chỉ tiêu NO2 (nitrit) vượt ngưỡng giới hạn cho phép tại vùng nuôi Phước Long (0,15mg/l); chỉ tiêu PO4 (phốt phát) vượt ngưỡng giới hạn cho phép tại Vũng Diều (0,27 mg/l). Hàm lượng tổng số vibrio spp vượt ngưỡng giới hạn cho phép tại Vũng Chào, xã Xuân Phương (TX Sông Cầu)…
Trung tâm Giống và kỹ thuật thủy sản Phú Yên khuyến cáo: Tại các vùng nuôi có độ mặn và độ kiềm thấp cần bổ sung canxi chống hiện tượng mềm vỏ, tôm nuôi khó lột vỏ hoặc chậm cứng vỏ sau khi lột. Tại vùng nuôi Phước Long có NO2 vượt ngưỡng giới hạn cho phép nên có nguy cơ bị ô nhiễm. Các hộ đang cải tạo ao không được thải bùn ra hệ thống kênh cấp làm bồi lấp và gây ô nhiễm cho vùng nuôi. Những hộ đang nuôi phải thường xuyên kiểm tra định kỳ chất lượng nước trong ao, cần xử lý lượng thức ăn thừa, phân tôm và xác phiêu sinh vật. Tại vùng nuôi Vũng Diều có PO4 vượt ngưỡng giới hạn cho phép nên có nguy cơ phát triển các loài tảo, vi tảo, đề phòng tảo độc phát triển. Tại vùng nuôi Vũng Chào có hàm lượng vibrio spp tổng số vượt ngưỡng giới hạn cho phép, cần bổ sung chế phẩm sinh học để hạn chế sự phát triển của vi khuẩn. Hiện thời tiết chuyển sang nắng nóng, người nuôi lưu ý thường xuyên kiểm tra môi trường, theo dõi hoạt động của tôm nuôi; bổ sung vi lượng, khoáng chất, vitamin… nhằm tăng sức đề kháng cho tôm. Đồng thời, người nuôi cần duy trì mực nước trong ao nuôi từ 1,2-1,5m, duy trì quạt nước tránh hiện tượng phân tầng nhiệt và duy trì oxy trong ao nuôi. Khi cấp nước vào ao, người nuôi phải cấp nước qua ao lắng, xử lý nước nhằm hạn chế nhiễm mầm bệnh từ ngoài vào ao nuôi. Đối với các hộ nuôi chuẩn bị thả giống nên chọn các cơ sở sản xuất có uy tín, con giống sạch các loại bệnh.