Để việc nuôi trồng thủy sản vùng nước mặn, lợ phát triển theo hướng bền vững, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đang phối hợp với chính quyền các địa phương định hướng cho các cơ sở, hộ nuôi trồng đầu tư cải tạo ao, đầm, chuyển phương thức nuôi quảng canh sang nuôi thâm canh, với các đối tượng nuôi đem lại hiệu quả kinh tế cao, như: Tôm thẻ chân trắng, ngao Bến Tre, cá vược, ốc hương... Cùng với đó, chú trọng công tác phòng, chống dịch bệnh cho các đối tượng nuôi.