Tuy nhiên, việc chọn mua con giống chất lượng đưa vào thả nuôi để đạt hiệu quả kinh tế cao đang là khó khăn đối với chủ ao đầm khi các đơn vị trong tỉnh chưa sản xuất đủ giống, bà con phải mua giống thủy sản từ tỉnh ngoài, trong khi đó công tác kiểm tra, kiểm dịch chất lượng còn hạn chế.
Những năm qua, Trung tâm Nghiên cứu và Sản xuất giống thủy sản Thanh Hóa (trên địa bàn xã Hoằng Thanh, huyện Hoằng Hóa) đã chủ động ứng dụng công nghệ dùng men vi sinh sản xuất tôm giống; ứng dụng tiến bộ khoa học-kỹ thuật mới sản xuất đa dạng đối tượng giống thủy sản như ngao, cua, cá vược, cá sủ, vẹm xanh, phi, hầu, vv... phục vụ nhu cầu thả nuôi xen canh, luân canh với tôm sú.
Năm 2013, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (NN&PTNT) đã giao cho Trung tâm Nghiên cứu và Sản xuất giống thủy sản sản xuất tại chỗ 20 triệu con tôm sú giống p15, phục vụ thả nuôi vụ xuân - hè. Trung tâm đã chọn mua tôm bố mẹ qua kiểm dịch của Chi cục Thú y đạt các tiêu chuẩn về chất lượng đưa vào sản xuất; tổ chức sản xuất theo dõi quá trình sinh trưởng, phát triển của tôm giống.
Kết quả, đến đầu tháng 4-2013, trung tâm đã sản xuất được 12 triệu con tôm giống bảo đảm chất lượng. Chi cục Thú y đã tổ chức kiểm tra chất lượng, kiểm dịch chặt chẽ chất lượng tôm sú giống sản xuất tại các trại của trung tâm trước khi xuất bán cho chủ đồng thả nuôi.
Cùng với việc tiếp tục sản xuất đủ số lượng, bảo đảm chất lượng tôm giống cung ứng cho chủ ao đầm thả nuôi đúng thời vụ, Trung tâm Nghiên cứu và Sản xuất giống thủy sản đã chuẩn bị các điều kiện cơ sở vật chất như xây dựng hệ thống ao sinh sản và ương nuôi ngao; ao nuôi tảo làm thức ăn cho ấu trùng ngao; đầu tư thiết bị như hệ thống bơm nước biển, hệ thống cấp khí, vv... phục vụ kế hoạch sản xuất 200 triệu con ngao giống cung ứng cho bà con các huyện vùng triều trong tỉnh thả nuôi năm 2013. Cán bộ, công nhân kỹ thuật của trung tâm đã được các nhà khoa học thuộc Viện
Nghiên cứu Thủy sản I Trung ương đào tạo, chuyển giao công nghệ mới và hướng dẫn thực hành sản xuất. Trong 2 năm qua, trung tâm đã thực hiện 3 thử nghiệm sản xuất giống ngao và đã xác định được mật độ ương tốt nhất cho sự phát triển của ấu trùng ngao, thức ăn, chế độ xử lý nước phù hợp, tốt cho sinh trưởng, phát triển của ngao giống. Trung tâm Nghiên cứu và Sản xuất giống thủy sản Thanh Hóa là đơn vị đầu tiên của Việt Nam đã thực hiện thành công công nghệ cho ngao sinh sản ngoài ao.
Theo lãnh đạo Phòng nuôi trồng Thủy sản (Sở NN&PTNT): Nuôi ngao trắng tại Thanh Hóa hiện nay khoảng 1.100 ha, chủ yếu ở các huyện Hậu Lộc, Nga Sơn, Hoằng Hóa, Quảng Xương, Tĩnh Gia, vv... Trong các năm 2010, 2011 và 2012 nuôi ngao đạt hiệu quả kinh tế cao, sau khi trừ mọi chi phí, nhiều hộ thu lời từ 200-300 triệu đồng/ha/năm. Mặc dù các tháng vừa qua, giá ngao thịt giảm khoảng 30% so với thời điểm đầu năm 2012 nhưng người nuôi ngao vẫn có lợi nhuận từ 100 đến 150 triệu đồng/ha/năm. Hiện tại, Sở NN&PTNT đã giao nhiệm vụ cho Trung tâm Nghiên cứu và Sản xuất giống thủy sản chủ động sản xuất ngao giống, đáp ứng nhu cầu mở rộng diện tích nuôi ngao thương phẩm trên địa bàn lên khoảng 1.600 ha.
Sau khi kết thúc vụ sản xuất tôm giống, Trung tâm Nghiên cứu và Sản xuất giống thủy sản đã có kế hoạch cải tạo, sửa chữa cơ sở vật chất, trang thiết bị cũ của trại sản xuất tôm sú, xây dựng hệ thống ao ương nuôi giống cua và đầu tư một số thiết bị chuyên dùng phù hợp với công nghệ sản xuất giống cua biển, cá vược, cá sủ, vv... đáp ứng nguồn giống thủy sản chất lượng phục vụ cho bà con thả nuôi luân canh, xen canh với tôm sú nhằm tăng giá trị trên một đơn vị diện tích.