Trong những đợt mưa bão thường có sự thay đổi đột ngột về nhiệt độ, độ ẩm, lượng mưa và đây là điều kiện thuận lợi để mầm bệnh phát triển. Mặt khác, động vật thủy sản trong điều kiện thời tiết như vậy lại có sức đề kháng yếu cho nên mầm bệnh có nhiều cơ hội xâm nhập vào động vật thủy sản làm phát sinh bệnh.
Nếu công tác dập dịch không được thực hiện tốt, khi có sự trao đổi nước giữa các thủy vực tự nhiên và vùng nuôi thủy sản sẽ làm lây lan các chứng bệnh phổ biến cho cá nuôi như các bệnh do ký sinh trùng (bệnh trùng bánh xe, trùng quả dưa, nấm thủy mi, rận cá, bệnh đóng rong ở tôm…), các bệnh do vi khuẩn, vi rút (bệnh ghẻ hay còn gọi là bệnh đốm đỏ, bệnh viêm ruột, đốm trắng, hoại tử gan tụy...).
Thường xuyên quan sát tình trạng cá, tôm bơi lội trong ao. Khi có hiện tượng cá, tôm nổi đầu cần xác định nguyên nhân là do đâu, nếu là do thiếu ô xy, cần tăng quạt nước, sụt khí đối với tôm nuôi thâm canh, bán thâm canh hoặc phun nước, giảm lượng thức ăn, thay một phần nước ao, hoặc cấp thêm nước mới vào ao đối với cá nước ngọt. Thường xuyên theo dõi mức nước, màu nước trong ao để kịp thời điều chỉnh; theo dõi thời tiết nhất là những tháng chuyển mùa và những ngày chuyển trời để kịp thời điều chỉnh lượng thức ăn.
Đối với ao nuôi cá, sau mỗi lần thay nước người nuôi phải xử lý nước bằng cách tạt vôi bột (vôi nông nghiệp) với liều lượng 2-3kg/100m3 nước để làm cho nước trong sạch. Người nuôi tôm cần phải chủ động dự trữ các loại vôi, hóa chất, chế phẩm sinh học, men vi sinh dùng để xử lý môi trường nước.
Người nuôi cần thường xuyên theo dõi, kiểm tra yếu tố môi trường như: pH, nhiệt độ, độ kiềm, độ mặn, độ trong… để có biện pháp điều chỉnh phù hợp. Cần rải vôi bột xung quanh bờ ao; sau các trận mưa lớn nên rút bớt nước tầng mặt hoặc bổ sung nước mặn từ ao chưa lắng/xử lý (nếu có điều kiện) và chạy quạt/sục khí để hạn chế hiện tượng phân tầng nước trong ao nuôi. Đồng thời bổ sung khoáng chất, vi tamin nhằm tăng cường sức đề kháng cho tôm, cá nuôi.
Đồng thời, người nuôi tôm nên thường xuyên kiểm tra các yếu tố môi trường nước ao tôm và biểu hiện hoạt động của tôm nuôi. Nếu không thực sự cần thiết, người nuôi tôm không nên sử dụng trực tiếp nguồn nước ngoài sông, rạch đưa vào ao nuôi tôm, mà cần lấy nước qua ao lắng và xử lý nước trước khi bơm vào ao nuôi tôm. Khi có những hiện tượng bất thường, người nuôi tôm cần hệ với cán bộ khuyến nông cơ sở để có biện pháp xử lý kịp thời, tránh thiệt hại. Người nuôi tôm cũng cần quan tâm theo dõi những bản tin dự báo thời tiết của Trung tâm Khí tượng thủy văn, từ đó chủ động hơn trong việc ứng phó với sự thay đổi thời tiết trong mùa mưa bão.
Người nuôi tôm cũng cần cần bổ sung men tiêu hóa, khoáng chất trong khẩu phần thức ăn tôm nuôi theo đúng quy trình kỹ thuật để giúp tôm nuôi tăng sức đề kháng nhầm chống chịu lại điều kiện thời tiết bất thường. Việc thường xuyên kiểm tra ao, đầm nuôi sẽ kịp thời phát hiện những diễn biến mầm bệnh xảy ra, nhất là vào những ngày mưa to kéo dài, nhiệt độ tăng cao. Liều lượng và cách sử dụng theo hướng dẫn của nhà sản xuất hoặc sử dụng dầu gan mực nhằm bao bọc thức ăn và thuốc để hạn chế tình trạng tan nhanh trong nước.
Bảo đảm môi trường ao nuôi cho cá, tôm trong sạch bằng các biện pháp hóa dược như sử dụng bột đá, vôi bột, vôi nước bón định kỳ cho ao nuôi, liều lượng tùy theo đối tượng nuôi. Có thể sử dụng hóa chất khác như Zeolite bón vào 3 tháng cuối chu kỳ nuôi để chúng hấp thu các độc tố (NH3, H2S) và kim loại nặng, liều dùng 1-2kg/100m3, định kỳ 10 ngày/lần.
Đối với các loài nhuyễn thể nuôi (ngao/nghêu, hầu, sò huyết…), khuyến cáo người dân cần thường xuyên kiểm tra các yếu tố môi trường cơ bản (như pH, nhiệt độ, độ mặn…) vùng nuôi, vệ sinh bãi nuôi sạch sẽ, chủ động san thưa, không để mật độ nuôi quá dày.
Đối với nuôi cá lồng, bè cần sử dụng hoá chất treo trong lồng/bè để khử trùng môi trường nước, diệt các tác nhân gây bệnh cho cá nuôi. Sử dụng vôi bột đựng trong bao tải treo ở đầu nguồn nước hoặc khu vực cho ăn trong các lồng bè. Các bao vôi được treo cách mặt nước khoảng 1/3-1/2 độ sâu của nước trong lồng/bè với liều lượng sử dụng là 2-4 kg vôi/10m3 nước.