Tổng điều tra nông thôn, nông nghiệp và thủy sản năm 2016 sẽ gồm 3 nội dung chính: Thu thập thông tin về sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, diêm nghiệp và thuỷ sản; thông tin về nông thôn; thông tin về cư dân nông thôn.
Thu thập thông tin về sản xuất trong nông nghiệp, lâm nghiệp, diêm nghiệp và thủy sản: sẽ thực điều tra số lượng đơn vị sản xuất; số lao động và cơ cấu lao động; quy mô sản xuất; tình hình thực hiện công nghiệp hoá, hiện đại hoá và ứng dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật trong sản xuất nông, lâm nghiệp và thủy sản; năng lực sản xuất; tiếp cận thông tin của các đơn vị sản xuất; đánh giá kết quả tái cơ cấu ngành nông nghiệp; phát triển kinh tế trang trại; tác động của sản xuất nông nghiệp tới môi trường,...
Thu thập thông tin về nông thôn: sẽ điều tra thực trạng và sự chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông thôn; thực trạng và những chuyển biến về kết cấu hạ tầng kinh tế - xã hội nông thôn; thông tin về ảnh hưởng của biến đổi khí hậu và nước biển dâng; vệ sinh môi trường nông thôn; thông tin phản ánh một số nội dung trong kết quả thực hiện Chương trình mục tiêu Quốc gia về xây dựng nông thôn mới.
Thu thập thông tin về cư dân nông thôn, sẽ điều tra điều kiện sống của cư dân nông thôn; tích luỹ và khả năng huy động vốn, tình hình vay vốn, khả năng tiếp cận tín dụng của cư dân nông thôn; đào tạo nghề cho lao động nông thôn; vai trò phụ nữ trong sản xuất nông, lâm nghiệp và thủy sản.
Ban chỉ đạo Tổng điều tra được thành lập ở Trung ương và ở địa phương. Ở Trung ương, Ban chỉ đạo Tổng điều tra được Thủ tướng Chính phủ ủy quyền phê duyệt phương án Tổng điều tra; tổ chức điều tra thí điểm để hoàn thiện về nghiệp vụ và công tác tổ chức chỉ đạo thực hiện cuộc Tổng điều tra; tổ chức chỉ đạo thực hiện cuộc Tổng điều tra theo đúng phương án, kế hoạch và nội dung Tổng điều tra.