Tuy nhiên, cũng có những nguy hiểm khi ăn cá: hầu hết chúng đều chứa thủy ngân rất độc hại đối với cơ thể. Thủy ngân có thể gây ra những vấn đề nghiêm trọng cho sức khỏe, đặc biệt là cho trẻ nhỏ.
Phụ nữ mang thai (và cả phụ nữ đang có kế hoạch mang thai) cũng được khuyên nên loại bỏ món cá ra khỏi thực đơn của mình. Đặc biệt là những động vật có vỏ như trai, sò, vẹn… rất giàu thủy ngân.
Có 5 loại cá: cá thu to, cá mập, cá kiếm, cá pecca vàng và cá ngừ - đã được Cơ quan Quản lý dược và thực phẩm Mỹ (FDA) liệt vào danh sách những loại cá có lượng thủy ngân cao nhất.
Cá hấp thụ thủy ngân từ nước dưới dạng methyl thủy ngân - 1 hợp chất thậm chí còn độc hơn cả chất gốc. Methyl thủy ngân nguy hiểm đối với sức khỏe con người vì nó tích tụ trong cơ thể, gây ra nguy hiểm cho não và hệ thần kinh, đặc biệt là hệ thần kinh của trẻ nhỏ và bào thai. Thủy ngân còn có thể ảnh hưởng đến thận và gan.
Một số loài hải sản có lượng thủy ngân thấp, bao gồm: cá hồi (cá tự nhiên), cá trê, cua, cá tuyết, cá trích, tôm được cho là hoàn toàn an toàn và tốt cho sức khỏe con người.