Việc sử dụng thuốc, hóa chất trong nuôi thủy sản đã nảy sinh nhiều vấn đề phức tạp, nhất là thời điểm bệnh trên tôm nuôi bùng phát, người nuôi tôm ngày càng sử dụng nhiều loại thuốc, hóa chất để phòng ngừa, điều trị và cả việc sử dụng thuốc trừ sâu để diệt giáp xác, xử lý ao nuôi tôm bị bệnh,… Việc lạm dụng thuốc thú y sẽ không có lợi cho tôm nuôi, chi phí đầu tư tăng thêm mà hiệu quả sẽ không cao, còn làm ảnh hưởng đến môi trường ao nuôi.
Trong nuôi tôm nước lợ phòng bệnh là chủ yếu, còn biện pháp điều trị khi tôm bệnh sẽ không tác dụng, người nuôi còn tốn thêm nhiều chi phí. Quy trình kỹ thuật chăm sóc tôm đa phần bà con đều nắm vững, tuy nhiên tình trạng lạm dụng thuốc, hóa chất, hay việc sử dụng thuốc bảo vệ thực vật vào mục đích nuôi tôm sẽ dẫn đến tình trạng tồn lưu dư lượng thuốc kháng sinh cấm trong tôm thương phẩm và làm ô nhiễm đến môi trường ao nuôi.
Thực tế cho thấy, ao nuôi sử dụng thuốc trừ sâu để diệt giáp xác sẽ dẫn đến hiện tượng mềm thân do môi trường nước trong ao bị nhiễm độc tố; hay như tình trạng sử dụng thuốc diệt cỏ để phòng trừ bệnh đóng rong, cụt đuôi làm cho tôm thương phẩm bị tồn dư hoá chất cấm nhập khẩu. Người nuôi tôm nhỏ lẻ chưa quan tâm nhiều đến việc sử dụng thuốc, hóa chất cấm sử dụng, hạn chế sử dụng, tình trạng này đã làm tăng mức độ ô nhiễm môi trường vùng nuôi,ao nuôi.Ngành chuyên môn Sở nông nghiệp và phát triển nông thôn Sóc Trăng đã tổ chức nhiều đợt kiểm tra xử lý các đại lý, cơ sở bán thuốc thú y nuôi trồng thủy sản còn bán thuốc, hóa chất cấm lưu hành sử dụng, nhằm đảm bảo an toàn cho người nuôi.
Ở các đại lý vẫn còn tồn tại nhiều nhãn hiệu thuốc cấm lưu hành sử dụng, hoặc hạn chế sử dụng. Công tác kiểm tra, xử lý khá nghiêm ngặt, nhưng vẫn chưa triệt để. Thực trạng thị trường thuốc thú y nuôi trồng thủy sản là rất đa dạng và phức tạp, người sử dụng cũng gặp không ít khó khăn khi chọn lựa.
Người nuôi cần ý thức cao hơn trong việc sử dụng thuốc, hóa chất để giảm giá thành đầu tư, hạn chế tồn dư các dư lượng kháng sinh cấm đối với tôm thương phẩm.Thị trường thuốc thú y phục vụ nuôi thủy sản đa dạng chủng loại, phức tạp về chất lượng, dù ngành Nông Nghiệp Sóc Trăng tăng cường kiểm tra xử lý, để bảo vệ người nuôi tôm. Tăng cường quản lý nhà nước đối với thị trường thuốc thú y phục vụ nuôi thủy sản là nhiệm vụ của cơ quan chuyên ngành, quan trọng hơn hết vẫn là ý thức của người sử dụng. Tình hình tôm nuôi bị thiệt hại còn khá cao, nhu cầu sử dụng thuốc, hóa chất trong phòng, trị bệnh tôm rất lớn, người nuôi thường lạm dụng thuốc, hóa chất, dẫn đến tăng chi phí đầu vào
Môi trường ao nuôi, vùng nuôi tôm nước lợ ngày càng xuống cấp, chủ yếu là việc sử dụng thuốc, hóa chất, thức ăn, đặc biệt là xu thế nuôi thâm canh tôm thẻ chân trắng sẽ làm tăng lượng thuốc, hóa chất gấp 3 lần so với tôm sú. Ứng dụng quy trình nuôi an toàn sinh học, khi sử dụng thuốc, hóa chất phải đảm bảo “3 đúng” để hạn chế chi phí đầu vào và bớt gây ô nhiễm môi trường.