- Điều tra hiện trường: Cá mắc bệnh không những biểu hiện các dấu hiệu bệnh lý trên cơ thể, mà còn thể hiện các hiện tượng trong ao. Khi có hiện tượng cá chết trong ao, ngoài nguyên nhân do mắc bệnh còn có thể do môi trường nước bị nhiễm bẩn, nhiễm độc tố như các chất thải của nhà máy công nghiệp, do nước sinh hoạt thải ra, do phun thuốc BVTV...
+ Nếu cá bị bệnh là chết ngay và tỷ lệ cá chết tăng nhanh đạt đỉnh cao nhất chỉ trong 2 - 3 ngày do cá bị bệnh cấp tính. Trường hợp này cá bị bệnh thường có màu sắc và thể trạng không khác với cơ thể bình thường. Hiện tượng cá bị bệnh cấp tính chủ yếu do môi trường nước bị nhiễm độc (cá chết hàng loạt). Cần đo các chỉ tiêu môi trường nước so sánh với các giới hạn cho phép.
+ Trường hợp cá bị bệnh có thể trạng gầy yếu, màu sắc hơi tối so với bình thường, tách đàn bơi lờ đờ trên mặt nước hoặc quanh bờ, lồng nuôi. Tỷ lệ chết tăng lên từ từ mà trong thời gian dài mới đạt đỉnh cao(2 - 3 tuần) do cá bị bệnh mạn tính.
- Điều tra tình hình quản lý chăm sóc: Cá mắc bệnh có liên quan đến vấn đề chăm sóc và quản lý ao. Ví dụ bón phân quá nhiều, chất lượng thức ăn kém phẩm chất, cho ăn quá nhiều... dễ dẫn đến chất lượng nước thay đổi: Oxy hoà tan giảm, ảnh hưởng đến sức khoẻ của cá. Ngược lại thức ăn không đủ chất và lượng, cá gầy yếu dễ bị bệnh tấn công.
- Điều tra tình hình biến đổi thời tiết khí hậu và thuỷ hoá: Trong mùa vụ nuôi cá không thích hợp như nóng quá, rét quá hoặc mưa gió thất thường... đều là những yếu tố ngoại cảnh ảnh hưởng đến sức khoẻ của cá. Cần phải điều tra thời gian trước đó từ đó 5 - 7 ngày về các chế độ thuỷ hoá của ao nuôi trồng thuỷ sản; nhiệt độ, pH, độ trong, oxy hoà tan, NH3, H2S, NO2... để phân tích cho cá nuôi. - Kiểm tra cơ thể cá:
+ Kiểm tra bằng mắt thường: Là một phương pháp chủ yếu để kiểm tra bệnh. Đối với ký sinh trùng lớn như giáp xác, nấm thuỷ my... có thể nhìn thấy bằng mắt thường được. Nhưng một số tác nhân gây bệnh nhỏ như vi khuẩn, ký sinh đơn bào... mắt thường không thể nhìn thấy được, nhưng có thể dựa vào các dấu hiệu bệnh lý: 10 bệnh nhiễm khuẩn thường biểu hiện xuất huyết viêm, thối rữa, hoại tử, dựng vẩy, ăn mòn vỏ...
Các bệnh ký sinh trùng thường thể hiện tiết nhiều chất nhờn, chảy máu hoặc có các bào nang thành chấm nhỏ. Cần phải xem xét tỷ mỉ các dấu hiệu để chẩn đoán bệnh trên các bộ phận như sau:
* Kiểm tra trên da: Đối với cá có thể đặt cá trên khay men theo thứ tự quan sát từ đầu đến miệng, mắt, nắp mang, vẩy, vây, tia vây có các tác nhân gây bệnh; Nấm thuỷ my, rận cá, trùng mỏ neo, đỉa, giun, bào nang của ký sinh đơn bào.
* Kiểm tra mang: Đối với cá kiểm tra các tơ mang và nắp mang có đóng mở lại bình thường, trên tơ mang có nhiều nhớt hay không, dính bùn và ký sinh trùng (giáp xác, sán...) ký sinh.
* Kiểm tra nội tạng: Kiểm tra toàn bộ hệ tiêu hoá của cá, dạ dày, ruột có thức ăn không, có hơi không, trên thành có xuất huyết không, giun sán ký sinh trong dạ dày ruột. Kiểm tra cơ quan khác; gan, thận, lá lách, bóng hơi có các bào nang của giun sán, điểm xuất huyết của bệnh vi khuẩn...
+ Kiểm tra bằng kính hiển vi: Kiểm tra các chỗ bị bệnh mà mắt thường không quan sát được. Soi kính kiểm tra ký sinh trùng đơn bào, giun sán nhỏ. Ngoài ra có nhiều bệnh không thể phân tích ngay tại hiện trường được thì người nuôi cần tìm đến các nhà chuyên môn thủy sản để được tư vấn và hướng dẫn phòng trị bệnh hiệu quả sao cho thiệt hại do cá bị bệnh chết ở mức thấp nhất.