57,5% số trại tự chọn lựa cá bố mẹ từ đàn cá nuôi thịt. Do cá tra giống kém chất lượng nên tỷ lệ hao hụt trong quá trình nuôi lên đến 25-30%, trường hợp mua nhầm cá giống từ nguồn cá bố mẹ bị đồng huyết, thoái hóa, tỷ lệ hao hụt đến 40-50%. Nguyên nhân là do trình độ kỹ thuật ươm cá tra giống còn hạn chế, việc kiểm tra chất lượng giống ở các tỉnh còn buông lỏng.