Chung quanh việc nuôi và xuất khẩu cá tra, thời gian vừa qua nảy sinh nhiều vấn đề. Sự phát triển một cách ồ ạt của con cá tra xuất khẩu một thời khiến hàng loạt vấn đề mâu thuẫn nảy sinh như: tranh mua, tranh bán; chèn ép giá người chăn nuôi; bất hợp lý giá thành chăn nuôi; thức ăn gia súc phải phụ thuộc vào các doanh nghiệp nước ngoài; vấn đề tín dụng ưu đãi cho người nuôi cá lẫn doanh nghiệp chế biến xuất khẩu... đến cả việc bị phía các quốc gia nhập khẩu lúc yêu cầu về bảng biểu theo tiêu chuẩn này, tiêu chuẩn nọ để hạn chế nhập khẩu hay áp thuế chống bán phá giá cao ngất ngưởng... Từ Hiệp hội nghề cá Việt Nam Vasep, đến các hiệp hội nghề nuôi và chế biến cá tra các tỉnh vùng đồng bằng sông Cửu Long mạnh ai nấy làm, mạnh ai nấy quản lý theo kiểu của mình, theo lợi ích địa phương mà bỏ qua tổng quan của cả sự phát triển chung trong nghề nuôi, chế biến cá tra xuất khẩu.
Ðến thời điểm hiện tại, có thể đánh giá cá tra được nuôi phổ biến nhất ở các tỉnh vùng đồng bằng sông Cửu Long, đặc biệt là các tỉnh ở ven sông Tiền và sông Hậu. Sản lượng cá tra của đồng bằng sông Cửu Long chiếm hơn 95% sản lượng cá da trơn của cả nước. Tính đến cuối năm 2011, khối lượng xuất khẩu hơn 600 nghìn nghìn tấn, tương đương 1,806 tỷ USD tăng 26,5% so cùng kỳ năm 2010 đã gần đuổi kịp tôm nuôi nước lợ, đóng góp khoảng 2% GDP của cả nước. Năm 2012, diện tích nuôi cá tra đạt 5.910 ha, sản lượng hơn 1,28 triệu tấn; kim ngạch xuất khẩu đạt 1,74 tỷ USD. Thị trường tiêu thụ cá tra ngày càng mở rộng, đến nay đã có hơn 130 nước và vùng lãnh thổ trên thế giới tiêu thụ cá tra của Việt Nam.
Ðại hội lần thứ nhất Hiệp hội Cá tra Việt Nam vừa qua đã chỉ rõ mục tiêu chính của Hiệp hội là nhằm liên kết giữa các doanh nghiệp với chính quyền các địa phương, giữa doanh nghiệp với hộ nuôi và giữa doanh nghiệp với nhau, nghiên cứu đề xuất và kiến nghị với các cơ quan quản lý với Chính phủ về những chính sách liên quan đến ngành nhằm thúc đẩy ngành thủy sản nói chung và cá tra nói riêng phát triển ổn định và bền vững. Do đó, việc vạch ra một hướng đi khá rõ nét với những chỉ tiêu cụ thể cho cá tra Việt Nam giai đoạn tiếp theo như: Ðến năm 2015, sản lượng nuôi cá nguyên liệu đạt 2 triệu tấn, sản phẩm xuất khẩu đạt 800 nghìn tấn, tiêu thụ nội địa 150 nghìn tấn; giá trị kim ngạch xuất khẩu đạt 2,25 tỷ USD, tạo việc làm cho 230 nghìn lao động; năm 2020, sản lượng cá nuôi nguyên liệu đạt 2,5 triệu tấn, sản phẩm xuất khẩu đạt một triệu tấn, tiêu thụ nội địa 200 nghìn tấn, giá trị kim ngạch xuất khẩu đạt ba tỷ USD, tạo việc làm cho 250 nghìn lao động... chính là việc làm cụ thể hóa Ðề án phát triển sản xuất và tiêu thụ cá tra ở đồng bằng sông Cửu Long đến năm 2020 của Thủ tướng Chính phủ.
Việc thành lập Hiệp hội Cá tra Việt Nam có ý nghĩa quan trọng đối với sự phát triển của ngành và tăng trưởng kinh tế trong vùng; góp phần quảng bá, tiếp thị và duy trì tên tuổi của một sản phẩm mang tính chiến lược cũng như mặt hàng xuất khẩu chủ lực của Việt Nam. Hiệp hội ra đời sẽ góp phần định hướng cho sản xuất cá tra vùng đồng bằng sông Cửu Long nói riêng và cả nước phát triển nhanh chóng, đúng hướng, các vấn đề yếu kém về: giá, mất cân đối cung cầu, cạnh tranh không lành mạnh... hy vọng sẽ được giải quyết một cách thống nhất.